Таким образом, Крымская война превратила Среднюю Азию в фактор огромной политической важности в англо-русских отношениях. Именно здесь Россия решила искать средство заставить Англию пойти на уступки в вопросе о черноморских проливах, и именно здесь она рассчитывала найти постоянное и универсальное средство воздействия на английскую внешнюю политику.

Окончательно определилась огромная роль Средней Азии и как сырьевой базы русской текстильной промышленности. Доставка в Россию американского хлопка во время гражданской войны в США (1861–1865 гг.) практически прекратилась, что привело к текстильному кризису, так как русская хлопчатобумажная промышленность, на 90% работавшая на американском сырье, оказалась в катастрофическом положении. Среднеазиатские купцы увеличили доставку в Россию хлопка местного производства. Вместо 120–150 тысячи пудов хлопка, ежегодно поставлявшегося из Средней Азии в начале 60-х гг. XIX века, стало поступать 500–700 тысяч пудов, или почти 50% всего хлопка-сырца, импортируемого в Россию.

20 декабря 1863 года российский император Александр II принял решение, согласно которому русские войска с 1864 года должны приступить к широкомасштабному наступлению на Среднюю Азию с целью присоединения ее к России.

В июне 1864 года отряд под командованием полковника М. Г. Черняева [2] штурмом взял Аулие-Ату, а затем Чимкент. В конце апреля 1865 года русскими войсками была взята ключевая позиция на подступах к Ташкенту – крепость Ниязбек, расположенная на реке Чирчик. При этом оросительная система Ташкента и всего прилегающего к нему района, поставлявшего хлеб для Ташкента, оказалась под контролем русских властей. Вылазка кокандских сарбазов [3] во главе с правителем города Алимкулом потерпела неудачу. Среди горожан началось смятение: одни призывали обратиться к Бухаре, другие стояли за ориентацию на Коканд, третьи требовали мира с Россией.

Бухарский эмир Музаффар [4] тем временем решил воспользоваться затруднительным положением Кокандского ханства и захватить Ташкент. Кокандский хан Худояр вынужден был оставить Ташкент. В город прибыло подкрепление бухарского эмира. В ночь с 14 на 15 июня 1865 года российские войска начали штурм Ташкента. Три дня длились бои на улицах города. 17 июня почтенные жители города и аксакалы изъявили покорность и сдали Ташкент.

После взятия Россией Ташкента начались ее столкновения с Бухарой, которая не хотела смириться с потерей одного из крупнейших городов Средней Азии. Однако в 1866 году бухарцы потерпели ряд поражений, в результате чего русскими войсками были завоеваны Худжанд, Ура-Тюбе, Джизак и Яныкурган. Занятие этих городов отделило Кокандское ханство от Бухарского эмирата и открыло для России важнейшие пути на Коканд и Бухару. Кроме того, взятие Джизака открывало прямой путь в Зеравшанскую долину – к Самарканду. Покоренные территории Кокандского ханства и Бухарского эмирата были присоединены к России, и в 1867 году было образовано Туркестанское генерал-губернаторство. Так император Александр II решил вопрос административного устройства захваченных им земель Средней Азии.

К. П. Кауфман [5], назначенный первым туркестанским генерал-губернатором, хотел мирным путем достичь компромисса с бухарским эмиром и кокандским ханом. Однако весной 1868 г. бухарский эмир объявил войну России и послал своих эмиссаров в Коканд, Кашгар, Хиву, Афганистан, Турцию и Индию. Вскоре бухарские отряды начали наступление у Джизака и Яны-Кургана. Вспыхнули народные волнения в Ташкенте, Ура-Тюбе и в других населенных пунктах. В ответ на это К. П. Кауфман предпринял наступление на Самарканд и 2 мая взял его без боя. Легкая победа над самаркандцами объясняется тем, что в городе, как, впрочем, и по всей Бухаре в целом, существовала большая прорусски настроенная группа людей, которая и открыла городские ворота.