Полная шестилетняя программа семинарии состояла из трех двухгодичных курсов: риторики, философии, богословия. Здесь преподавались словесность, светская история, география, математика, физика, философия, Св. Писание, герменевтика, история Церкви, христианская археология, догматическое, нравственное и пастырское богословие, пасхалия. Изучение латинского, греческого и древнееврейского языков было обязательным, немецкого и французского – факультативным.

Уездные училища тоже готовили воспитанников в течение шести лет. Учебный план включал грамматику, арифметику, подробный катехизис, историю и географию в сжатом изложении, церковный устав, начатки классических языков и церковное пение.

В приходских школах учили чтению, письму, каллиграфии, четырем арифметическим действиям, началам русской грамматики, краткому катехизису и церковному пению.

Преобразование школ осуществлялось постепенно, начиная с Петербургского округа. Архимандрит Филарет (Дроздов) был назначен ректором Санкт-Петербургской духовной академии и введен в Комиссию духовных училищ, это назначение было высоким отличием. «Князь Голицын оценил его высокие дарования, соединенные с величайшим практическим тактом и способностью к быстрой и продолжительно-неутомимой деятельности»[65].

На Санкт-Петербургской духовной академии было сосредоточено особенное внимание, она должна была приготовить и дать прочим академиям первых наставников. «Существовавшие под наименованием прежние высшие духовные училища – Александровская, Киевская и Казанская академии обращены были в Семинарии, и вместо них положено было образовать новые академии. Дело шло не о поправлении старых зданий, а об устроении новых, которые бы вполне соответствовали новым видам и целям»[66].

Перед выпуском студентов 1-го курса Санкт-Петербургской академии Комиссия духовных училищ, желая ознакомиться с преподавательскими силами в духовных школах, потребовала их учебные программы, чтобы определить, кто из преподавателей может быть оставлен и удостоен звания профессора, а кого следует переместить на другие должности.

«Доставленные программы, по мере поступления их, Комиссия препровождала в конференцию Санкт-Петербургской духовной академии, где рассматривал их ректор академии, архимандрит Филарет. На основании этих отзывов, многие начальствующие лица и преподаватели академий и семинарий были перемещены с одних должностей на другие, многие были уволены от учебной службы и перемещены на епархиальную… <…> Случалось, что из всего учебного состава той или другой семинарии, и даже академии, только два-три человека признавались достойными прохождения учебной должности. Но кто прошел чрез это испытание с успехом и честью и удостаивался звания профессора, тот поднимался в общем мнении епархии целого учебного округа на такую высоту, что делался предметом общаго внимания и уважения. Таких было, впрочем, не много»[67].

Был осуществлен пересмотр проектов уставов духовных училищ, часть устава была составлена М.М. Сперанским, потом пересмотрена владыкой Феофилактом, который дополнил ее. В этой редакции проект был напечатан в 1810 г. Затем дополнения и исправления внес архиепископ Филарет. Комиссия, приняв все предложения и исправления к проекту устава духовных академий, постановила исправить и напечатать его. «Таким образом, проект устава духовных академий прошел через три редакции: первую М. М. Сперанского и Феофилакта, вторую Феофилакта и третью Филарета. В этой редакции он и был вновь напечатан в 1814 г., а прежде напечатанные экземпляры отбирались и уничтожались»