6 сентября, после недолгой службы в штабе 3-й армии, Кемаль стал начальником пехотного офицерского полигона 3-й армии в Салониках. В тот момент он выступал за то, чтобы армия оставалась вне политики, и требовал, чтобы офицеры перестали быть членами политических партий. Тем не менее, хотя его точка зрения не была принята, Кемаль активно работал над военной реформой и, как мы уже знаем, перевел на турецкий ряд германских уставов по боевой подготовке.

В том же 1909 году Кемаль рассорился с руководством Комитета «Единение и прогресс» и на время отошел от политики. Из фактически правящего в стране младотурецкого триумвирата в составе Мехмета Талаата-паши, Исмаила Энвера-паши и Ахмеда Джемаля-паши хорошие отношения у Кемаля были только с Джемалем. Кемаль признавал, что его связывали с этим членом триумвирата «особые дружеские отношения и привязанность». Еще в 1907 году майор Джемаль был назначен членом военного совета 3-го армейского корпуса. Здесь он и познакомился с Мустафой Кемалем.

В мае 1910 года Кемаль участвовал в боевых действиях в Албании против повстанцев в качестве начальника штаба Махмута Шевкета-паши. В сентябре 1910 года в качестве турецкого представителя он присутствовал во Франции на маневрах в Пикардии. Очевидно, выбор его для выполнения этой миссии был связан с тем, что он хорошо знал французский язык. И вообще, Кемаль был одним из немногих среди младотурок антантофилов и считал, что во внешней политике Турции надо ориентироваться на Францию и Англию, а не на Германию.

В январе 1911 года Кемаль был назначен начальником штаба XV корпуса, но вскоре стал командиром 38-го пехотного полка. Он критиковал генералов в письменных рапортах за плохо спланированные и проведенные учения и маневры.

Критика не прошла для Кемаля бесследно. 13 апреля 1911 года Кемаля перевели в Стамбул, в Генеральный штаб, где в сентябре он стал сотрудником оперативного отдела, а 27 ноября был произведен в майоры.

Но вскоре Кемаль отправился вместе с другими офицерами Генерального штаба добровольцем в Ливию, куда Италия вторглась в сентябре 1911 года. Здесь уже 22 декабря он руководил успешным наступлением в районе Тобрука.

Турецкий Генштаб сознавал, что Италия господствует на море, поэтому в Ливию практически невозможно доставить подкрепления. Он смог перебросить только горсть офицеров, которые должны были помочь турецким гарнизонам и ливийским племенам организовать партизанскую войну. Предполагалось, что это истощит силы итальянцев и подорвет их решимость удерживать прибрежную полосу. Кемаль под видом журналиста прибыл в Египет и в декабре перешел ливийскую границу, которую, собственно, никто не охранял. Он был в составе группы офицеров-генштабистов, многие из которых отличались явными авантюристическими наклонностями. В состав ливийской армии входили также Энвер, который ее возглавлял, Нури, Али Фуад и Омер Наси. Они должны были реорганизовать разбитые к тому времени итальянцами немногочисленные турецкие регулярные войска и организовать ливийцев-сенуситов для партизанской войны против итальянцев. Энвер осуществлял общее руководство, а Кемаль с марта 1912 года отвечал за сектор Дерна, где ему подчинялись 700 турецких солдат, немного легкой артиллерии и пулеметов, а также 8000 человек племенного ополчения. Кемаль организовал ополченцев и отправил их в глубокие рейды, чтобы беспокоить итальянские войска, показав себя мастером мобильных операций. Он провел целый ряд таких операций по принципу «ударил – убежал», столь характерному для партизанской войны. Доводилось ему проводить и обычные полевые операции, в которых вместе сражались регулярные и иррегулярные войска. Кемалю удалось связать не менее 15 тыс. итальянских солдат и приковать их к побережью. В одном из боев он был легко ранен в левый глаз, но вернулся в строй. Кемаль удачно вел партизанскую войну благодаря своему умению поддерживать дисциплину среди ополченцев, которые признали авторитет этого боевого турецкого офицера.