В январе 1909 года Кемаль вернулся в Салоники и получил назначение начальником штаба 17-й резервной пехотной дивизии. Кемаль очень переживал, что в результате революции не получил достойного поста в армии, и открыто критиковал политику младотурок.

Любимый сын Абдулы-Хамида Бурханеддин при помощи фанатиков из духовенства и султанской казны сумел организовать среди столичных полков отряд приверженцев султана. В одну из апрельских ночей 1909 года все младотурецкие офицеры этих полков были внезапно схвачены и частью перебиты. Под командой простого фельдфебеля заговорщики двинулись к зданию парламента и вынудили его отправить в отставку правительство, состоявшее из младотурок. Меджлис, застигнутый врасплох, поддержал новое правительство, где преобладали сторонники султана. Хотя это был настоящий солдатский бунт, при котором было убито несколько офицеров, Абдул-Хамид дал полную амнистию всем заговорщикам. Несмотря на утверждения, что к мятежу султан не причастен, на другой день при погребении 83 солдат и офицеров, убитых заговорщиками, на улицах Стамбула прошла враждебная Абдуле-Хамиду демонстрация, окончившаяся кровавым подавлением демонстрантов.

Комитет «Единения и прогресса» в ответ приказал «всем частям армии, стоявшим в европейской Турции, безотлагательно двинуться на Константинополь». Судьба империи и конституции зависела от того, исполнят ли войска этот приказ и выступят ли против султана. Но популярностью в армии Абдул-Хамид не пользовался, и под командованием Шефкет-паши, назначенного генералиссимусом, войска с воодушевлением двинулись к столице и через несколько дней заняли город. Воодушевление народа, всецело стоявшего на стороне младотурок, было огромное. Паши отдавали все свое имущество на нужды войск, торговцы и фабриканты армии отпускали все необходимое для солдат в кредит, македонские повстанцы, восставшие против турецкого правительства, заявили, что переходят на сторону младотурок, так как боролись против султана, а не против народа. Шефкет-паша окружил войсками дворец Йылдыз, где жил Абдул-Хамид, и изолировал его от внешнего мира. Лишенный пищи, воды и освещения и видя, что никто не приходит ему на помощь, Абдул-Хамид через 2 дня начал переговоры о сдаче.

Тем временем Национальное собрание постановило: «Низложить султана Абдулу-Хамида II и призвать на трон султана и халифа наследного принца Мехмеда Решада Эфенди (брата Абдулы-Хамида) под именем Мехмеда V». 27 апреля 1909 года Абдул-Хамид в сопровождении 7 своих жен и с ребёнком на блиндированном автомобиле и под конвоем был отвезен в окрестности Салоник, на виллу Аллатини на берегу моря.

В апреле 1909 года Кемаль был в первых рядах армейского восстания, направленного против заговорщиков. В Стамбуле сторонники Абдулы-Хамида еще могли опереться на поддержку воинских частей, лояльных султану, но в Салониках таких частей не было в принципе. Офицеры в столице Македонии выступили в защиту конституции и организовали марш на столицу. Возглавил эту «Армию действия» (Харекет Ордусу) как раз командир 17-й дивизии Хусейн Хусню-паша, а Кемаль, как начальник штаба 17-й дивизии, соответственно стал начальником Генерального штаба этой армии, состоявшей всего из двух дивизий. Интересно, что название «Армия действия» придумал сам Кемаль. Он так объяснил, как оно возникло: «Я хотел придумать название, которое ни у кого не вызовет протеста и для всех подойдет. Я выбрал слово “харекет”, соответствующее французскому слову “действие”. Ведь мы действительно действовали…» В ночь с 15 на 16 апреля 1909 года Кемаль вошел в Стамбул в качестве начальника штаба «Армии действия» в поддержку антиправительственных акций 13 апреля, которые устроили в столице сторонники младотурок. Теперь во главе войск в Стамбуле стал командующий 3-й армией Махмут Шевкет-паша. Он объявил чрезвычайное положение и созвал парламент, который 27 апреля и низложил Абдулу-Хамида.