Однако Конституционный Суд РФ признал правомерным создание в административно-территориальных единицах, непосредственно входящих в состав республики, наряду с органами местного самоуправления представительных и исполнительных органов государственной власти данных территориальных единиц, входящих в систему органов государственной власти республики. Между тем такие органы и соответствующие должностные лица вправе действовать только в сфере компетенции органов государственной власти и не могут ущемлять самостоятельность местного самоуправления, его органов и вторгаться в сферу их компетенции. На территориях, не имеющих статуса таких административно-территориальных единиц, субъекты Российской Федерации не могут создавать представительные и исполнительные органы государственной власти. Поэтому Конституционный Суд РФ признал противоречащими ст. 12, 130, 131 (ч. 1) и 132 Конституции РФ правовые нормы, согласно которым местные администрации, решающие в соответствии с законами республики вопросы местного значения, входят в систему исполнительной власти республики.

Конституционный Суд РФ признал также, что назначение и освобождение от должности главы администрации административно-территориальной единицы, являющегося должностным лицом самостоятельного исполнительного органа государственной власти, а не вышестоящего (республиканского) органа власти, несовместимо с положениями ст. 5 (ч. 3) и 10 Конституции РФ, в соответствии с которыми государственная власть в Российской Федерации осуществляется на основе принципов разграничения предметов ведения и полномочий между органами государственной власти различного уровня и самостоятельности в пределах их полномочий.

Таким образом, создавая органы государственной власти, субъект Российской Федерации не вправе наделять их полномочиями по решению вопросов местного значения, подчинять органы местного самоуправления государственным органам и тем самым лишать граждан права на самостоятельное решение вопросов местного значения.

Особо следует отметить, что Конституционный Суд прямо указал на то, что из содержания Федерального конституционного закона «О Конституционном Суде Российской Федерации» прямо вытекает, что юридическая сила решений Конституционного Суда РФ включает их обязательность на всей территории Российской Федерации и распространяется не только на акт, который являлся предметом рассмотрения Конституционного Суда РФ. Признание Конституционным Судом РФ какого-либо положения нормативного акта, в том числе закона субъекта Российской Федерации, не соответствующим Конституции РФ порождает обязанность отмены в установленном порядке аналогичных положений, в том числе содержащихся в законах других субъектов Российской Федерации. Иное не согласуется с прямым действием и единообразным применением Конституции РФ на всей территории Российской Федерации, а также с закрепленными ею принципами равенства прав и свобод граждан независимо от места их жительства (ст. 19) и равноправия субъектов Российской Федерации (ст. 5, ч. 4).

Таким образом, вынося Постановление, Конституционный Суд пришел к выводу, что установленные ч. 2 и 5 ст. 25 Закона Республики Башкортостан «О местном государственном управлении в Республике Башкортостан» порядок назначения и освобождения от должности главы местной администрации района, города и включение указанных должностных лиц в единую систему исполнительной власти Республики Башкортостан, согласно правовой позиции Конституционного Суда РФ, выраженной в постановлениях «По делу о проверке конституционности Закона Удмуртской Республики от 17 апреля 1996 года “О системе органов государственной власти в Удмуртской Республике”» от 24 января 1997 г. и «По делу о проверке конституционности статей 80, 92, 93 и 94 Конституции Республики Коми и статьи 31 Закона Республики Коми от 31 октября 1994 года “Об органах исполнительной власти в Республике Коми”» от 15 января 1998 г. не соответствуют Конституции РФ.