Разрядный приказ был упразднен в 1711 г. Видимо тогда, а не в 1682 г. и сожжены все его архивы.

Уничтожены все дела Приказа Большого Дворца – это дела государева двора, дворцовых волостей, а с 1619 г. и Патриархии, непосредственно касавшиеся управления страной до 1676 г. (С. Веселовский. Т 1.)

Полностью был уничтожен и архив Костромской чети, а ведь ее документы касались престолонаследия, избрания Михаила Романова на престол и дел ополчения 1611—13 г. (но и те документы, что сохранились в архивах других ведомств являются одними из важнейших для изучения Смуты). (Г. В. Вернадский. Россия в средние века.)

Из дел Казачьего приказа (с 1613 г. ведал делами с казаками) и Челобитного приказа (с 1615 г. ведал земельными пожалованиями) – «сохранилось лишь несколько столбцов», остальные уничтожены. (А. Л. Станиславский)

Утрачены посольские книги об отношениях с другими государствами, столбцы соответствующих книг тоже не сохранились.

Утрачены книги о взаимоотношениях с Астраханским ханством. В Описи архива зафиксированы книги 1508—17 г., 1521—34 г. В посольской книге по связям с Ногайской Ордой 1548—49 г. имеется запись о приезде от астраханского царя посла Халкомана «лета 7058», отмечено, что приезд «писан в астароханских книгах». Следовательно, они исчезли позднее.

Утрачены «книги тюменские» по сношениям с Тюменским ханством, которое находилось на реке Терек. Известно, что летом 1551 г. прибыл тюменский князь Бибарс Растов, в декабре 1556 г. приезжали тюменские послы и вслед послы 1559 г. и 1560 г.

Не сохранился комплекс посольских книг по связям с Казанским царством. В ногайской посольской книге под 1501 г. есть упоминание о «казанских тетратех». Существовали «5 тетратей» о связях с казанским царем Шиг-Алеем (1552—64 г.) и дипломатических отношениях царей Федора Ивановича и Михаила Федоровича с касимовским царем Арсланом Али (1585—1614 г.). За десять лет 1558—67 г., русские послы шесть раз отправлялись к кабардинскому князю Темрюку Айдаровичу, однако о посольских книгах сохранилось только упоминание.

Утрачены «сибирские книги» 1555—63 г.

Отдельный комплекс представляли «книги цысаревых послов и францовского магистра вулфьянковых послов отписки», существовали книги «шамохейские» с материалами посольств из Шемахи.

Лишь семь книг 1669—1742 г. характеризует связи с Бухарским ханством. Утрачены документы 1549—1644 г.

Сохранилось шестнадцать «иверских» посольских книг 1586—1700 г. Имеется свидетельство о более ранних документах 1491—1577 г.

В настоящее время исследователи располагают 82 посольскими книгами об отношениях с Крымом 1474—1695 г. Не сохранились книги 1540—44 г. и 1549—62 г. Исчезли «тетради гирейские» о взаимоотношениях с Крымом времен правления дома Гиреев.

По связям с Калмыцким ханством сохранилось семь посольских книг 1672—84 г. Не сохранились 1618—72 г., 1677—1683 г., 1685—1719 г.

По связям с Ногайской Ордой имеется 12 книг 1489—1659 г. Не сохранились 1523—34 г., 1571—76 г., 1583—85 г., 1619—57 г.

По Империи сохранилось 49 книг за период с 1488—1698 г. Существовала еще более ранняя посольская книга «лета 6993-году по лето 7035-й год» (1485—1527 г.). Наиболее значительные лакуны приходятся на периоды с 1519—75 г. и 1600—53 г.

По связям с Англией имеется 20 посольских книг1581—1688 г. Хронологические лакуны приходятся на периоды с 1593—1613 г. и 1621—62 г.

По связям Посольского приказа с греческим православным духовенством дошло 12 книг 1509—1694 г. Наибольшая лакуна приходится на 1594—1627 г.

По Дании в наличии 24 посольские книги 1559—1698 г., есть лакуны в 38 и 15 лет. Но есть данные о существовании более ранних книг с «лета 7001-го по 7009-й» (1493—1501 г.).