Не сохранились акты Собора об избрании Алексея Михайловича 1645 г. (Л. В. Черепнин. Земские Соборы), как и протоколы Собора об избрании Михаила Федоровича Романова в 1613 г. (Г. В. Вернадский. Т 2.), а также документы о деятельности Соборов 1683—84 г. и 1698 г.

Официально признано отсутствие документов с 15 по 18 века.

Это отсутствие документов, тем более странно, что они должны были иметься у присутствовавших на Соборах депутатов (300—800 человек), в Приказах, уездах и епархиях, в архивах Кремля и Патриархии и создавались они не в глубокой древности, а в эпоху книгопечатания, когда издать их массовым тиражом не представляло особого труда.

Так «Уложение» 1649 г. было издано тремя изданиями по 1200 экземпляров (1-е издание разослано по учреждениям, из 2-го 1173 экземпляра продано по 1 рублю (оклад стрельца тогда составлял 3 рубля и 12 четвертей ржи в год), остальные 27 разосланы, 3-е также затем распродано), т.е. реально спрос ведомств составлял 1227 экземпляров. (А. Г. Маньков. Уложение 1649 года.)

Уничтожение документов велось целенаправленно, обдуманно. Многие сохранившиеся акты дошли до нас случайно, оказавшись в частных архивах участников Соборов, в хозяйственных делах монастырей, как черновики, вложенные в дела других ведомств, или в иностранных архивах.

Ранее все документы Новгорода, в т.ч. вечевые грамоты, вывезены Иваном III (был утрачен договор Новгорода с Литвой 1471 г. об объединении), а летописи новгородские подтасованы. Считают, что дьяк Ивана III Грозного – Степан Новгородец, подделывал летописи, умел «древнии летописцы воротити». Подделана 1-я Новгородская летопись, а все остальные новгородские летописи написаны только после взятия Новгорода. (Прф. М. И. Помятовский.)

Затем в 1550 г. Иван IV Грозный «порушал в Новгороде ряды и рядовые все грамоты собрал в казну», где они и пропали. (Прф. М. И. Помятовский.)

Полностью погибли опричные архивы, практически нет подлинных документов Ивана Грозного, вообще «сохранность русских архивов и книгохранилищ 16 в. – наихудшая во всей Европе». (Р. Г. Скрыников. Иван Грозный.)

Хотя современники отмечали книжность и то, что Иван Грозный много писал, «ни одного автографа Ивана IV – не найдено». Вообще имеется всего одна копия текста Ивана Грозного. Мало того, «в нашей историографии, нет, кажется, вопроса, который вызвал бы большие разногласия, чем личность царя Ивана Васильевича, его политика и, в частности, его пресловутая опричнина. И замечательно, то, что по мере прогресса исторической науки разногласия, казалось бы, должны были уменьшиться, но в действительности наблюдается обратное». (С. Б. Веселовский. Исследования.)

Неизвестны: Указ о введении опричнины 7074 г. (1565 г.), духовное завещание 7090 г. (1553 г.) о передаче власти Дмитрию и Избранной Раде (правила 1553—65 г.). Зато сохранилось духовное завещание 1572 г. написанное при Анне Колтовской, в котором упоминается опричнина, но опричнина упразднена в 1571 г. и списки земельных угодий не соответствуют фактическому землевладению 1570—1600 г. известным по писцовым книгам. Текст его взят с неполной и неисправной копии 18 века.

Письма Курбского и Ивана Грозного известны только с 17 века. (С. Ф. Платонов. Иван Грозный.)

Хотя 07.01.1550 г. указан Собор во Владимире перед походом на Казань, но известен он лишь по хрущевскому списку Степенной Книги (написанном в 1691 г.) с единственным упоминанием о земском соборе 1550 г. вместе с генеалогиями дворян, подтасованными в 1686—87 г. (росписи родов 1681—89 годов – фальшивые). В первоначальном тексте Степенной Книги их не было. (С. Б. Веселовский. Исследования.)