В XX веке морфология переживает глубокий кризис, морфологические знания «вышли из научной моды», большинство людей интересуются красивыми эволюционными картинками, а морфологическое «буквоедство» полагается скучноватым. Между тем любые эволюционные реконструкции и блестящие эволюционные сценарии есть лишь интерпретация морфологических данных. Например, накапливающиеся данные показывают, что обезьяны Старого Света (так называемые узконосые обезьяны) и обезьяны Нового Света (широконосые) настолько слабо связаны, что нет серьезных оснований объединять их в одну группу животных. Имеются две независимые группы, общий предок которых не был обезьяной, но которые развились настолько сходным образом, что мы, едва взглянув, утверждаем: «Обезьяна!». Столь глубокая конвергенция групп является яркой иллюстрацией направленности эволюционного процесса, и при этом любые суждения об этой эволюционной картинке сводятся к обсуждению «скучных» подробностей морфологического строения этих животных: обезьяны различаются, в частности, строением лицевой части черепа, у них различное количество отверстий в носовой кости. По одним признакам мы наблюдаем глубокое сходство организмов, а по ряду других видим существенные различия, и вот этот баланс признаков и выражается словами «конвергенция», «направленная эволюция». Точно так же можно воспроизвести оригинальные и изящные рассуждения о схождении английского и китайского языков за последнюю тысячу лет. Но любые сколь угодно красивые рассуждения о культурфилософском смысле такого сближения будут опираться на основу самого «скучного» языкознания, на дебри грамматических и лексикостатистических выкладок, из которых, собственно, и следует, что в английском языке, принадлежащем к германской группе языков, в целом – синтетических, нарастает аналитичность и падает роль словоизменения. При этом становится очевидна истинная «цена» сходства английского и китайского: это лишь крайне поверхностное сближение, мало что говорящее о глубинном устройстве языка.

С помощью морфологического метода работают все естественные (и не только естественные) науки. Часто высказывается мнение, что к истории методы «обычной» науки неприменимы в силу принципиальной уникальности, одноразовости объекта ее исследования. По этому поводу даже иногда выделяются две группы наук – номотетические, которые ищут законы, описывающие поведение сходных явлений, и идеографические, к которым принадлежит и история. Идеографические науки, как утверждают сторонники этой точки зрения, могут только описывать происходящее.

Такое понимание истории является ошибочным. Причин для такой квалификации достаточно много; здесь уместно провести лишь одну линию рассуждений. С уникальными объектами работают на деле все естественнонаучные дисциплины. Наиболее очевидно это в отношении географии и родственных наук: объект их исследования дан в единственном экземпляре. Но ведь и каждый биологический организм, и каждый биологический вид уникальны. Изучаемые физикой объекты также упикальны; каждый бросаемый с башни камень единичен. Однако физики с легкостью отвлекаются от упикальности своих объектов, изучая лишь очень обобщенный аспект реальности, так что их объекты становятся одинаковыми. Одинаковость (изоморфность) объектов есть результат работы научного аппарата, а не свойство реальности.

В биологии степень индивидуальности (разнообразия, уникальности) объектов много выше, чем в физике. Поэтому существуют особые методологически выделенные области биологического знания – таксономия и мерономия