Усташи закрыли все православные храмы Сараева, убили почти всех священников, включая и престарелого Петра – митрополита Дабро-Босанского, a сараевский православный собор передали специально для этого приехавшему униатскому священнику. В Сараеве до войны было 15–20 семей украинцев-галичан, и к ним раз в месяц приезжал униатский священник – отец Биляк. Так как униатское богослужение мало чем отличалось от православного, то многие сербы не считали за грех ходить на богослужение к «усташскому попу». Большинство сербов и не знало, что «усташский поп», как они его называли, не православный, а униат.

Ни русской церкви, ни русского священника усташи не тронули, так как было соответствующее распоряжение. Слышал, что о. Алексей ходил в лес к четникам совершать богослужения, исповедовать и причащать борцов против нацистов и усташей. Четники были в основном сербы-монархисты, хотя в их четах можно было встретить и мусульман, и даже хорватов-католиков.

Протоиерей Алексей как до войны, так и во время войны молился о «христолюбивом воинстве нашем», и ни Гитлера, ни главу усташей Павелича не поминал, да и подобных молитв не было. Никто из власть имущих за это к о. Алексею не придирался. Положение изменилось после того, как 3 апреля 1942 г. указом «поглавника» Анте Павелича была разрешена Хорватская автокефальная православная церковь. По требованию властей в православных церквах, во время великого входа, стали читать следующую молитву: «О пресветлог Великоименитог Државног Поглавника Нашега Господина Анту сое всею палатую его да поменит Господ Бог во Царствии Своем…» Настоятель русской церкви не входил в состав Хорватской автокефальной церкви и не считал себя обязанным возносить подобную молитву.

У о. Алексея Крыжко были какие-то личные трения с настоятелем православного хорватского прихода в Сараеве о. Б. Поповичем, который 3 июля 1943 г. обратился к коменданту города с жалобой на о. Алексея:

«Этот приход имеет сведения о том, что в русской православной домовой церкви в Сараеве во время богослужения не оказывается почет молитвой главе государства и митрополиту Хорватской православной церкви, как это предвидено циркуляром Хорватской православной митрополии № 55/43, которая полностью относится на русскую домовую церковь в Сараеве, по той причине, что она на территории НДХ и не имеет экстерриториального права, потому что не относится к категории дипломатических домовых церквей при посольстве. Кроме того, упомянутая домовая церковь не совершает богослужений на государственные праздники, тогда как во время б. Югославии отдавала почести молитвами и королю, и Патриарху сербскому, а после создания НДХ и до сегодняшнего дня не сняла государственный герб, который находился под черной повязкой на иконе в честь короля Александра I Карагеоргиевича. На основании вышесказанного этот приход просит запретить всем военнослужащим в Сараеве вход в русскую домовую церковь как церковь, которая не соблюдает законов НДХ, и о вышесказанном прошу уведомить приход» (перевод с хорв. наш. – Р. П.).

19 июля 1943 г. герб Югославии был удален из русской домовой церкви, но это не остановило Владимира Нащекина снова обратиться с жалобой к хорватским властям на о. Алексея Крыжко. В. Нащекин был одним из тех редких русских, кто вступил в организацию усташей и сделал там карьеру.

В начале октября 1943 г. о. Алексею Крыжко было сообщено, что он должен во время богослужений поминать и поглавника, и хорватского митрополита. Неизвестно, подчинился ли он этому требованию или нет, но известно, что совершал и дальше богослужения