Сперва Петр назначает местоблюстителя патриаршего престола – выходца с Украины, одного из образованнейших людей своего времени – епископа Стефана Яворского. Незадолго до того, еще при жизни патриарха Адриана, он говорил в присутствии царя проповедь и очень его впечатлил.

Полагают, Петру нравилась и биография Стефана: он прожил много лет среди католиков, учился во Львове и Люблине, был униатом, потом принес покаяние. Правда, будущий епископ вынес из католических школ вместе с западным образованием и стойкую нелюбовь к протестантам, и аргументы полемики с ними. Петру это откроется не сразу – пока он считает Стефана человеком с симпатичного ему Запада, никак не связанным с «московской стариной», с которой Петр уже наметил рвать все взаимодействия.

Отношения Петра и Стефана – это зеркало той постепенной духовной метаморфозы, которая в течение 20 лет совершается в душе царя и (его руками) в стране.

Сперва Стефан вполне поддерживает Петра в его достижениях, походах, в его заботах о просвещении народа и развитии страны. Но к концу первого десятилетия XVIII века отношения между ними все натянутей. Да и не таким уж западником оказался Стефан, как от него, видимо, ожидал царь.

Находящийся во все более усиливающейся зависимости от Петра, епископ Стефан не может примириться с грубым вторжением царя в церковную жизнь. Мало того, что власть местоблюстителя в сравнении с патриаршей была сильно ограничена царем, так еще и взамен Патриаршего приказа (центр управления Церковью) был учрежден Монастырский приказ, который установил контроль государства за землями и доходами монастырей. Цель его была простая: силами светских чиновников забрать у монастырей их владения в пользу государственной казны.

В 1711 году в церковные суды были введены фискалы – это учрежденная Петром должность для тайного надсмотра над всеми делами. Фискалы заполнили все ведомства и коллегии, теперь они пришли и в Церковь.

К началу второго десятилетия века уже стало понятно, что Петр не думает назначать патриарха, что ему куда симпатичнее западный, протестантский тип управления Церковью.

Стефан не страшился нападать на усиливающиеся протестантские порядки, он обличал протестантов, число которых множилось в столице, в их непоследовательностях – и все сильнее год от года звучал в его проповедях и словах мотив какого-то грустного прощания: «Сияла Россия – мати наша – прежними времени благочестием, светла и аки столб непоколебимый в вере православной утверждена. Ныне же что? Усомневаюсь о твердости твоей, столпе непреклонный, егда тя вижу, ветрами противными отовсюду обуреваема. Веет на тя ветер иконобоный, иконы святые презирающий; веет на тя ветер чревоугодный, посты святые разоряющий».

Стефан написал разоблачающую протестантов книгу «Камень веры» – ни при жизни самого владыки, ни при жизни Петра она так и не была опубликована. При этом Петр держал Стефана вблизи себя и на всех его должностях до самой смерти владыки – несмотря на то что он часто просил об отставке и нападал на царя и его решения в своих проповедях.

В 1718 году Петр пишет Стефану: «…а для лучшего впредь управления мнится быть должно надобной коллегии, дабы удобнее впредь такое великое дело управлять было возможно». Так была озвучена идея Священного синода – коллективного управления Церковью.

Сочувствия у Стефана эта идея не вызвала, и Петр доводил реформу до конца уже с новым союзником, тоже выходцем с Украины – епископом Феофаном (Прокоповичем). Прекрасно образованный в тех же западных малороссийских пенатах, владыка Феофан очень многое в протестантизме поддерживал, оправдывал. Некоторые публицисты называли его не просто сочувствующим протестантам, а прямо протестантом.