Второй по значимости религией в Российской империи был ислам. Политика первых русских императоров и императриц была направлена на ограничение ислама. Строительство новых мечетей было затруднено, всячески поощрялся переход мусульман в православие. Попытки возврата из православия в ислам жестко пресекались. Результаты христианизации мусульман в России были весьма незначительными.

Особое внимание было уделено организации государственного регулирования «сверху» религиозной жизни российского мусульманства. Начали создаваться органы духовного управления мусульманскими общинами. По существу, мусульманская община России получила организацию, аналогичную церковной, хотя исторически институт церкви в исламе отсутствует. Это привело к непредвиденным последствиям: мусульманское духовенство России оформилось в качестве организованной национально-политической силы, результатом чего стало усиление интегративных функций ислама. Центральным правительственным органом, контролировавшим жизнь российского мусульманства, был департамент духовных дел иностранных исповеданий Министерства внутренних дел.

Рядом российских законодательных документов был определен круг духовных лиц и служителей мусульманских духовных учреждений, получивших правовое признание со стороны государства. Они могли получать казенное жалованье, освобождались от налогов, повинностей, воинской службы, имели право пользоваться доходами от соответствующих приходов, их дома освобождались от постоя и т. д. В 1912 году в Российской империи на официальном учете состоял 24 321 мусульманский приход с 26 279 богослужебными зданиями (соборными мечетями43, летними и зимними мечетями и молитвенными домами и т. д.) и 45 339 мусульманских духовных лиц (имамов, мулл, хатибов, муэдзинов и т. д.). Таким образом, значительная часть мусульманских духовных лиц была вписана в общую систему российской имперской государственности.

Несмотря на значительное улучшение положение мусульман, вплоть до 1905 года они в повседневной религиозной жизни сталкивались со многими трудностями и ограничениями. После Манифеста от 17 октября 1905 года самодержавие вынуждено было допустить существование целого ряда мусульманских общественных организаций и собраний (мусульманская фракция в I—IV Государственных думах, мусульманские съезды и т. д.). Свобода неизбежно повлекла за собой активизацию мусульманства, в том числе и в политической области.

Хотя ислам продолжал оставаться в христианской России религией второго сорта, хотя не прекращались вооруженные столкновения на Кавказе и в Средней Азии, общность исторической судьбы осознавалась как русской, так и мусульманской стороной.

По материалам переписи 1897 года, мусульмане являлись второй по численности после православных вероисповедной группой населения империи. Их насчитывалось 13,8 млн человек, при этом численность мусульман в России имела постоянную тенденцию к росту: к 1917 году в стране проживало около 20 миллионов мусульман.

Российские идеологи не создали привлекательных для мусульман идей, которые могли бы вдохновить их на искреннее служение империи. Мусульманские сторонники России определенные надежды возлагали на цивилизаторскую миссию России, но она, по мнению Исмаилбея Гаспринского, не оправдалась. Только одно великое деяние он относил к разряду положительных – отмена рабства среди мусульман, которая произошла раньше, чем в коренных русских областях. Русское мусульманство, по его мнению, не осознавало, не чувствовало интересов русского отечества; ему были непонятны русские общегосударственные стремления и идеи