После 1888 г. реформа военно-народной системы была практически похоронена. Передача управления Терской и Кубанской областей под контроль военного ведомства во многом сняла данную задачу с повестки дня. Кроме того, отношение в верхах к этой системе со временем изменилось. В 1895 году Николай II при чтении всеподданнейшей записки преемника Дондукова – Корсакова на должности Главноначальствующего гражданской частью на Кавказе С.А. Шереметева подчеркнул встретившееся в тексте выражение «военно-народная система» и поставил против них резолюцию «Самая лучшая на Кавказе». Министерство внутренних дел, разумеется, было не в состоянии самостоятельно, без участия представителей кавказской администрации, подготовить новый проект реформы. Дондуков – Корсаков, которого вполне устраивала действовавшая система военно-народного управления, не торопился представлять новый проект реформы, тем более, что с формальной точки зрения задачу, поставленную перед ним правительством (подготовка административной реформы на Кавказе) он выполнил. К тому же вскоре представился законный повод к тому, чтобы отозвать подготовленный им проект из Петербурга: преобразование системы управления Терской и Кубанской областей. Главноначальствующий, сославшись на необходимость согласовать свой проект с изданным в 1888 году «Учреждением управления…» этих областей, потребовал от Министерства внутренних дел вернуть ему подготовленные в 1885 году документы. Это требование было выполнено. Неудивительно, что кавказская администрация на запросы министерств о судьбе проекта реформ могла отговориться занятостью.
Устойчивость кавказской «обособленности» на протяжении всей второй половины XIX века, как представляется, обуславливалась далеко не только личными качествами представителей региональной администрации, но и искусством бюрократической интриги администрации, заинтересованной в защите своих интересов на Кавказе. Иначе сложно объяснить, к примеру, столь резкую перемену во взглядах А.А. Шепелева, который буквально за несколько месяцев до своего назначения на Кавказ, предлагал отменить военно-народную систему, а в Тифлисе, превратился в её убеждённого соперника>259.
Паспортная система служила для администрации Терской области излюбленным средством стеснения даже хорошо ей известных лиц>260. Терские горцы, в случае появления своего за Кубанью или в других частях Российской империи без паспортов, считались бродягами и злоумышленниками и как таковые наказывались>261.
Сложившаяся к началу XX века система административного управления в Кубанской и Терской областях всё заметнее приходит в противоречие с укрепляющимися на Северном Кавказе капиталистическими отношениями. Наиболее уязвимой её частью являлось устранение не войскового населения от реального участия в управлении>262. Неразделённость функций управления отдельными отраслями народной жизни, нередко отсутствие специальных знаний у должностных лиц, невозможность, и иногда и нежелание охватить вниманием все стороны жизнедеятельности населения, наложенные на его инерцию и консерватизм, вызванные различными запретами, становились тормозом в хозяйственном, культурном развитии местностей военно-народного управления. Для улучшения ситуации требовалось внесение изменений в судебное устройство, особенно по части влияния административной власти на судебные решения, но при использовании достоинств народного суда с его представителями от населения и учётом местных обычаев. Ликвидация военно-народного управления должна была повлечь за собой реорганизацию судебной системы. Принципиальным было бы выведение суда из сферы влияния административной власти, а это связывалось с распространением на край Указа от 12 декабря 1904 года, обязывавшего строго соблюдать в судопроизводстве внутренних губерний России принципа разделения административной и судебной властей