Военно-народная система представляла большие возможности для злоупотребления чиновников, за что её постоянно критикуют современные учёные-кавказоведы, однако она же обладала рядом важных преимуществ. Военные начальники не были втянуты во внутреннюю борьбу в горских обществах, большие полномочия позволяли им оперативно реагировать на любые чрезвычайные ситуации, – быстро пресекать междоусобицы и мятежи. Участие в управлении представителей населения, использование в судопроизводстве адата и частично шариата позволяло приспосабливать российское управление к обычаям горцев, их складу ума и поведения ^>253.

Последнее десятилетие имперского управления на Северном Кавказе показало, что военно-народная система управления, созданная для обеспечения покорности горцев и укрепления позиций российских властей в регионе после завершения Кавказской войны, исчерпала свой прежний стабилизирующий потенциал. В новых социально-политических и экономических условиях стало очевидным, что эта система уже не только не способна гарантировать поддержание политической стабильности в крае, но и сама в определенной мере становится причиной данной нестабильности, препятствуя созданию условий для удовлетворения растущих потребностей населения, консервируя устаревшие принципы управления горцами. Среди российских чиновников постепенно крепло мнение о возможности отказа от прежней системы управления горцами, но при этом по-прежнему не предполагалось в полной мере распространять на регион общеимперскую систему управления, предлагались лишь различные компромиссные варианты административно-судебного устройства для горцев^>254.

С упразднением наместничества была намечена и ликвидация военно-народного управления путём передачи всех местностей, находящихся в ведении Военного министерства, общей гражданской администрации по линии Министерства внутренних дел. Инициатором здесь выступило как раз Военное министерство, желавшее переложить в принципе не свойственные ему функции по ведению всех административных дел военно-народного управления на других. Разработанный в Петербурге в конце 1881 г. проект реформы административной системы Кавказа характеризовался стремлением приблизить эту систему к общероссийским стандартам и максимально сократить автономию региональной администрации. На замечания Михаила Николаевича относительно необходимости сохранения военно-народного управления Александр III представил следующую резолюцию: «Это всё, конечно, князь Дондуков выяснит на месте. Моё убеждение, что многое можно сократить и упростить». Были отвергнуты доводы наместника о сложности выполнения задачи разоружения кавказских горцев (с резолюцией «По – моему, это только отговорки») и важности поддержания на Кавказе крупного военного контингента. Однако руководство Министерства внутренних дел признало свою неготовность к поддержанию безопасности в занятых коренным населением районах Кавказа ^>255. Пока проект рассматривался в петербургских коридорах власти, в 1887 году возник вопрос о необходимости поднятия угасающего на Кавказе духа казачества как оплота империи на южных рубежах. В правительственных кругах пришли к заключению, что Кубанское и Терское казачьи войска потеряли присущие им воинские доблести. Объяснение этому явлению находили в том, что в администрации данных областей преобладает режим гражданский, а не военный. Поэтому было разработано и высочайше утверждено в марте месяце 1888 года новое «Учреждение управления Кубанской и Терской областями и Черноморским округом», по которому управление этими местностями возлагалось на Военное министерство