С октября 50 года до н.э. в документах имя Птолемея фигурирует подчеркнуто на первом месте. Старшая сестра оказалась в одиночестве и не у дел. Клеопатру изгнали из Александрии, отправив в ссылку. Летом 48 года до н. э. Клеопатра бежала в Сирию, где навербовала войско, во главе которого разбила лагерь на египетской границе, недалеко от крепости Пелусий. Там же расположился с войском её брат, преграждая ей путь в страну.

Переломным моментом в судьбах наследников Птолемея XII стало бегство римского сенатора Помпея в Египет и его убийство сторонниками Птолемея ХIII. Цезарь, который в погоне за Помпеем высадился в Египте два дня спустя, разгневался этой расправой и похоронил голову Помпея у стен Александрии, где воздвиг святилище Немезиды.

Оказавшись в Египте, первым делом Цезарь попытался пополнить свою казну с помощью долгов, которые Птолемей XII наделал римскому банкиру Рабирию во время своих хлопот о восстановлении на престоле и которые Цезарь теперь записал на свой счёт.

Цезарь заявил о намерении выступить арбитром в споре наследников Птолемея XII. На тот период Птолемей ХIII был фактическим правителем, признанным Помпеем. Но убийство последнего Цезарь не одобрял, потому был заинтересован в противоположной стороне, в Клеопатре, которая могла стать послушной марионеткой в руках Рима. По прибытии он вызывает Клеопатру к себе в Александрию. Несмотря на запрет появляться в Александрии Клеопатра сумела составить хитроумный план, как оказаться в спальне Цезаря.

Проникнуть в столицу, охраняемую людьми Птолемея, Клеопатре помог её поклонник, который тайно провез царицу в рыбачьей лодке и пронёс в покои Цезаря, спрятав в большом мешке для постели. Так она оказалась в спальне Цезаря. Положение женщины в Риме было не сопоставимо с положением женщины в Египте. Конечно, на лице ее были слезы, печаль и скорбь. Она верно рассчитала! Как благородный и умудренный римлянин, которому уже за пятьдесят лет, мог не заступиться за обиженную изгнанницу? Тем более, что царица хотела продолжать политику своего отца, который был ранее в дружеских отношениях с Цезарем и самим Римом!

Бросившись к ногам римского диктатора, Клеопатра стала горько жаловаться на своих притеснителей, требуя казни Потина. 52-летний Цезарь был пленён молодой 20-летней царицей, она больше соответствовала как его собственным политическим интересам, так и интересам Рима. Целую ночь она провела с Цезарем, слезно умоляя и взывая к помощи. Позже таких ночей будет целая вереница.

На следующее утро Цезарь заявил об этом 13-летнему царю, от неожиданности тот в ярости выбежал из дворца. Сорвав с себя диадему, стал кричать собравшемуся народу, что его предали. Толпа возмутилась, но Цезарю в тот момент удалось её утихомирить, зачитав завещание царя. Юный фараон Птолемей ХIII дал войску команду осадить дворец, где находились Цезарь с Клеопатрой.

«Клеопатра продалась Риму, нас предали!». Связь с Римом рассматривалась в то время в Египте на уровне предательства. Началось настоящее серьезное сражение, ядра падали на крышу дворца и пробивали ее. Цезарь сумел взять в заложники Птолемея ХIII с младшей сестрой.

Однако ситуация для Цезаря осложнилась. Отряд, сопровождавший его, насчитывал всего 7 тысяч солдат; в Африке собирались сторонники убитого Помпея, при помощи которых партия Птолемея питала надежду избавиться от враждебного Цезаря. Потин и Ахилла вызвали в Александрию войска, казнь Потина уже не могла остановить восстание.

Войска, поддержанные горожанами, возмущенными вымогательствами и своеволием римлян, получили вождя, когда к ним бежали Птолемей XIII и его сестра Арсиноя. Волею судьбы главой восстания против Цезаря провозгласили младшую сестру Арсиною. Девочка-подросток бросила вызов самому могущественному Риму.