Уровень семинара к началу XIX века снизился – не было достойных руководителей и квалифицированных доцентов, стесняла нехватка учебников. Когда родилась идея единой Германии с единым языком и культурой, когда были поделены средства среди других факультетов, обсуждалось – нужен ли литовский семинар вообще. Скорее всего, он был бы закрыт около 1809 года, но тут инициативу проявил 33-летний литовский проповедник и приват-доцент Теологического факультета Людвикас Реза. В архивах найдены два его письма близкого содержания, написанные почти в один день (20 и 22 марта 1809 года). Одно было послано в министерство по делам Просвещения в Берлин, а другое – вручено местным властям в Кёнигсберге. В них есть признание, что литовский семинар работает неэффективно, однако предлагается выход, чтобы не закрывать эту структуру, а эффективно реформировать её. Руководить семинаром и в нём преподавать Реза взялся сам: «Так как я сам знаю язык и правительством назначен литовским проповедником, предлагаю свою кандидатуру».

Инициативу Резы поддержал министр Просвещения Пруссии того времени Вильгельм Гумбольдт, приписавший несколько строчек лично для Резы в письме кураториуму университета. Министр обещал поддержать инициативу Резы и предложил реорганизовать деятельность семинара. Дождавшись поддержки министра, Реза отказался от должности военного проповедника, оставив себе право вести проповеди лишь по воскресеньям, и принял предложенную ему профессуру в университете.

6 января 1810 года король Пруссии Фридрих Вильгельм III подписал приказ о назначении Резы экстраординарным профессором теологии и специальным, то есть преподающим, руководителем семинара Литовского языка. По инициативе Резы были вновь организованы два отделения в семинаре. Во втором отделении студенты, только начинающие изучение языка, изучали основы грамматики по программе, подготовленной руководителем семинара, а также устный и письменный перевод. В первом отделении слушатели выполняли более сложные индивидуальные практические упражнения. В начальном отделении литовский язык преподавали студенты-теологи, знающие язык, а сами они посещали лекции профессора Резы в высшем отделении. Реза сформировал значительную библиотеку семинара, в которой до него было лишь несколько книг на литовском языке. Были приобретены дополнительные экземпляры грамматики и словари Милкуса, новейшие переводы на литовский язык религиозных писаний и литовских светских книг. Как известно, оригинальных литовских книг в начале XIX века ещё не было, поэтому для изучения литовского языка использовалась первая книга по истории на литовском языке – перевод с немецкого языка «Рассказы о святой войне» (1814) Криступа Даниэля Гассенстейна. Известно, что в преподавании литовского языка Реза уже с самого начала не ограничивался только нуждами религиозной службы, размах был намного шире – более глубокое изучение литовского языка и литературы. Позже он включил в учебную программу им самим опубликованные басни Кристионаса Донелайтиса, а позже и «Времена года». С 1825 года Реза читал курс о литовских народных песнях. По поводу использования книг светского содержания он не раз был предупреждён руководством университета и кураториума.