Более трёх десятилетий Реза проработал в Кёнигсберг-ском университете, который сам окончил в 1799 году. Будучи учёным и практиком-теологом, духовником и учителем, он преподавал курс теологии и древних языков, не раз избирался проректором университета (титул ректора был у самого короля), деканом Теологического факультета, был членом сената университета, заседателем Церковной консистории (религиозный суд у лютеран), писал латинские теологические и философские трактаты. Вклад Резы в науку и культуру Восточной Пруссии очень важен, и потому интерес к аспектам его академической деятельности не случаен.

Университет, основанный первым светским правителем Пруссии герцогом Альбрехтом 17 августа 1544 года на острове Кнайпхоф, играл в Пруссии огромную роль. Созданный, как классический средневековый университет, в составе имел четыре факультета – философский, медицинский, юридический и теологический. До середины XIX века университет сохранял свою структуру и дух протестантизма. Во время обучения Резы с 1795 по 1799 год университет имел репутацию одного из самых отсталых провинциальных университетов. Однако в начале XIX века начался период обновления и мощного роста учебного заведения. Связано это было с вынужденным пребыванием в Кёнигсберге и

Восточной Пруссии королевской четы и двора, бежавших из Берлина от наполеоновского нашествия. Да и колоссальная деятельность Канта, всеевропейское признание его заслуг повысили интерес к Кёнигсбергскому университету. Ещё одной причиной роста университета стала необходимость обучения большего количества студентов в связи с тем, что после раздела Польши, к Пруссии отошли территории с большим населением. Неоднократные аргументированные обращения профессора Ауэрсвальда и ректора университета Хайдемана к правительству с предложениями о преобразованиях в университете и увеличении финансирования сначала не нашли существенной поддержки в Берлине. Однако, прибытие в Кёнигсберг новых профессоров, среди которых были Иоганн Фихте и Иоганн Зюверн, также начало активных прусских реформ, именно в Кёнигсберге сдвинуло дело с мертвой точки. Король Пруссии Фридрих Вильгельм III провозгласил программный тезис: «Государство должно духовной мощью возместить то, что было утрачено территориально». Центром разработки и реализации реформ стал Кёнигсберг, а движущими силами – высшие чиновники провинции (большинство из них окончили Альбертину) и профессора университета. Одной из главных идей реформирования государства стало положение, сформулированное Фихте, о том, что в основе государственной реорганизации лежит реформа университетского и школьного образования. Реорганизацией предусматривалось отмена крепостного права, свобода занятий ремёслами, военная реформа, новые городские уставы (коммунальная реформа) и реформа земельных отношений. Реформу образования возглавил Вильгельм Гумбольдт, он был идейным отцом программы обновления прусской системы образования. Эффективные реформы в Кёнигсбергском университете начались в 1808 году, а возглавили их профессор Ауэрсвальд и ректор университета Хайдеман. Программа обновления университета была представлена королю в марте 1809 года и получила одобрение. Король выделил существенные средства для развития университета, которые были достаточно эффективно использованы. Реза приступил к работе в университете в 1810 году, в самый разгар преобразований, в этот же год в университет прибыл молодой ученый Фридрих Бессель, ставший самым выдающимся астрономом первой половины XIX века. В 1809 году в университете начал работать выдающийся педагог Иоганн Гербарт, позже к ним присоединились будущие великие ученые – математик Карл Якоби, физик Франц Нойман, физик Генрих Дове, химик Фридрих Дульк, анатом и физиолог Карл Бурдах, физиолог и естествоиспытатель Карл Бэр. Из профессоров старшего поколения активно продолжал работать профессор Карл Хаген. Начало работы Резы в университете пришлось на период значительных реформ и роста.