Скудную по дошедшим до нас сведениям характеристику этого юноши-монарха необходимо дополнить также его несомненным большим внутренним тактом, т. к., несмотря на молодость, ему к концу его недолгого царствования все же удалось привести к некоторому примирению политические страсти в боярстве и духовные в среде церковных иерархов: сосланный в начале царствования Матвеев был возвращен, а гонения на группу приверженцев низложенного патриарха Никона и на самого его были ослаблены.

Рассматривая внутриполитические акты этого царствования, следует, прежде всего, отметить начатое всеобщее государственное размежевание и тесно связанное с ним урегулирование податной системы. Целый ряд местных налогов был упразднен; упразднены были и винные откупа, а вместе с ними и внутренние таможенные сборы. Эти реформы были проведены в созвучии с развитием местного самоуправления. Торговля вином была передана выборным населением целовальникам и «верным головам» из среды торгово-промышленного сословия. Одновременно с мероприятиями финансово-экономического порядка были проведены и реформы судопроизводства. Уголовные дела, разбиравшиеся до того времени в нескольких разобщенных между собою приказах, были сосредоточены в одном лишь Разбойном приказе. Были начаты дополнения к Уложению, и был составлен ряд новых, соответствовавших требованиям времени его статей. Для облегчения и упорядочения церковной администрации был утвержден совместно с Собором ряд новых епископий: в Севске, Холмогорах, Устюге, Енисейске и других отдаленных от Московского центра областях.

В январе 1682 г. уже вышедшим из отроческого возраста царем Феодором был созван чрезвычайно интересный по своей организаций Собор военно-служилых людей всякого звания, т. е. не только занимавших высшие командные должности, но и низовых, «территориальных», как мы сказали бы теперь, офицеров. На обсуждение этого Собора был поставлен целый ряд вопросов «устроения и управления ратного дела» и в самом указе о созыве такого Собора значилось, что его члены должны будут обратить особое внимание на «новые в ратных делах вымыслы», т. е. разработать новую, отвечавшую требованиям века, систему организации армии и рассмотреть ряд связанных с нею военно-технических вопросов. Идея, осуществленная в царствование Петра I, была не только предвосхищена его старшим единокровным братом, но к осуществлению ее были им привлечены широкие круги военных специалистов всех рангов, что тоже заслуживает очень большого внимания. Этот Собор военных специалистов не только рассмотрел и дал свои заключения по предложенным ему военно-техническим вопросам, но вышел даже далеко за рамки чисто военного дела, решительно поставив вопрос об уничтожении реакционного по тому времени феодального пережитка – местничества, тормозившего, а временами даже полностью парализовавшего, как прогрессивную деятельность Московских монархов, так и выдвижение новых жизненных сил общества. Вопрос этот был поставлен настолько решительно, что консервативная труппа родовитого боярства, грудью стоявшая за эту охранявшую их и ограничивавшую самодержавную власть аристократическую конституцию, была побеждена. Разрядные книги, писаная феодально-аристократическая конституция, были полностью уничтожены. Это важнейшее государственное мероприятие открыло путь к управлению царством новым людям, новым силам, укрепив одновременно власть монарха и ограничив дальнейшее развитие государственной жизни от шедших с Запада (из Польши) феодальных тенденций, приверженцами которых были консервативные круги русской боярской аристократии.