Затем он стал игуменом. В 1911 году он был назначен митрополитом Кутаисским.
Это время совпало с выдвижением вопроса об автокефалии Грузинской Церкви на Церковном Соборе, где было принято отрицательное решение. Митрополит Назарий являлся ярым сторонником автокефалии. С его помощью этот вопрос был снова поднят после Октябрьской революции, и 12 марта 1918 года в Светицховели торжественно праздновали восстановление автокефалии ГПЦ. 16 марта на Церковном Соборе приняли решение отныне и впредь вести службу на грузинском языке. В центре всех этих событий был митрополит Назарий.
Советизация Грузии в 1921 году началась с разгрома Церкви. Было разрушено 1200 храмов и церквей, сожжены тысячи уникальных рукописей, расстреляны многие священники. Под руководством митрополита Назария по благословению патриарха Леонида успели спрятать и вывести главные сокровища Светицховели в четырех ящиках и зарыть их рядом с храмом Баграта в Кутаиси. Вскоре митрополит Назарий был арестован. Следователи обвиняли его в антисоветской агитации и укрывательстве церковных сокровищ. На суде ему был задан вопрос, для чего он спрятал эти сокровища. Митрополит спокойно ответил, что хотел сохранить их для Церкви и грузинского народа. Ему вынесли приговор – расстрел, но впоследствии заменили арестом и конфискацией имущества.
В 1924 году, спустя два года, митрополита освободили по амнистии, и он вернулся в свою епархию. Ситуация в епархии была не из легких. За время его отсутствия резиденцию митрополита превратили в склад. И митрополит Назарий был вынужден поселиться в семье у брата.
Митрополит, равно как и весь его причт, нес смиренно крест гонений. Грузинский народ не хотел смириться с антицерковной политикой государства, и в 1924 году началось вооруженное восстание. 28 августа восстал Кутаиси, а за ним поднялась и вся Грузия.
Работники ЧК нашли штаб восставших в Шио-Мгвимском монастыре[14] и арестовали руководителей. При этом было арестовано и расстреляно множество невинных людей. 27 августа 1924 года к митрополиту Назарию подошла делегация из деревни Родинули и попросила освятить деревенскую церковь.
В назначенное время митрополит Назарий с духовенством пришел в деревню. Ночью на них неожиданно напали чекисты, избили прикладами, привязали к телеге и пригнали к сельсовету. Ради развлечения стреляли по ногам священников из маузеров. На другой день их перевезли в кутаисскую тюрьму.
Без всякого суда тройка приняла решение о расстреле митрополита Назария и бывших с ним священников протоиерея Германа Джаджанидзе, протоиерея Иерофея Николадзе, иерея Симона Мчедлидзе и диакона Бесариона Кухианидзе.
В 1994 году по благословению Патриарха Илии II Священный Синод причислил к лику святых митрополита Назария и иже с ним за веру убиенных священников.
День памяти 27 августа н. ст. 20 июля 2012 года постановлением Священного Синода Украинской Православной Церкви его имя было внесено в Собор Волынских святых.
О Католикосе-Патриархе всея Грузии Леониде
Я была тогда с моим народом,Там, где мой народ, к несчастью, был.Анна Ахматова
Из окна патриаршей резиденции вид был не ахти какой живописный. Везде лежала печать запустения. Да и как по-другому могло быть, когда люди живут на смене двух эпох и каждый день приносит новости одну хуже другой со своими непредсказуемыми последствиями. Российская империя, огромная и сильная держава, полная внутренних противоречий, рухнула, как тяжело раненный медведь, и погребла под собой царское самодержавие. На смену старому привычному порядку в бывшей провинции – той самой империи, называемой Тифлисской и Кутаисской губерниями, пришли совсем новые люди. Они объявили о создании нового государства – Грузинской Демократической Республики.