Новый 1941 год командир «М-96» встретил в звании капитан-лейтенанта и получил очередную блестящую аттестацию от начальства. В ней отмечалсь:

«Повседневно связан с партийной и комсомольской организациями. Правильно нацеливает актив на выполнение задач боевой подготовки. В партийной, политической и общественной работе активен. Энергичен. Обладает хорошими волевыми качествами. Решительный и смелый. Сообразителен и находчив.

Умеет быстро ориентироваться и принимать правильные решения в простой и сложной обстановке. Способен пренебрегать личными интересами для пользы службы. Во взаимоотношениях с начальниками, подчиненными и сослуживцами тактичен и выдержан. Заботится о подчиненных.

Боевая и политическая подготовка личного состава хорошая. Корабль находится в высокой боевой готовности (1-я линия). В кампанию 1940 года подлодка заняла первое место по КБФ (приказ командующего КБФ № 06968). Является первым заместителем командира дивизиона подводных лодок.

Выводы:

1. Должности командира подводной лодки соответствует.

2. Достоин назначения на подлодку типа «С».

3. После кампании 1941 года может быть назначен комдивом* подлодок типа «М» XII серии».

В январе сорок первого после гарантийного ремонта лодка вынуждена была срочно возвратиться из Кронштадта в Ханко. В ту зиму свирепствовали морозы. Толщина льда в заливе доходила до метра, а торосы местами достигали двух. До острова Гогланд «девяносто шестая» шла на буксире вслед за ледоколом «Тазуя», а затем – самостоятельно, вместе с «М-97».

Рискованный переход оказался не совсем благополучным: льдами свернуло набок и загнуло форштевень корабля, вмяло листы обшивки на носовой надстройке. Загнуло обвод якорного клюза, помяло кормовую оконечность, сорвало гакобортный огонь* и оттяжку антенны; лопнул ряд швов электросварки, начали пропускать воду кингстоны двух цистерн главного балласта.

На обжигающем ветру (руки прилипали к металлу) занялись ремонтом. Подводники знали – никто за них не починит «малютку», и справились.

А ранним утром 14 июня лодка в очередной раз вышла в устье Финского залива для несения дозора. Вместе с экипажем в море отправился мичман-стажер училища имени М. В. Фрунзе Лев Ефременков, дублировавший штурмана Филаретова. Он определял место корабля, вел прокладку*, нес ходовую вахту.

Вступили в права белые ночи: еще не погасли последние лучи белесого солнца, а уже брезжил ранний рассвет. Поеживаясь от бодрящей свежести, Александр Иванович то и дело наклонял голову за ограждение мостика. Всматривался вдаль. Уже не первый день «малютка» бороздила залив. Люди устали. Что-то беспокоило командира.

Хотя заканчивалась только неделя дозорной службы (не так уж и много),  сам он тоже чувствовал усталость. Дозор был нелегким. Каким-то суетливым.

То погружаясь на перископную глубину, то всплывая, подлодка раз за разом пересекала устье залива. И каждый раз, когда она приближалась к фарватеру, по которому ходили иностранные суда в Ленинград и из Ленинграда, Александр Иванович замечал странное явление: борта некоторых судов обшиты досками. Для чего?

И еще одно. Едва на судах обнаруживали «малютку», как там начиналась суматоха: люди становились на шлюпочные тали, иногда шлюпки поспешно вываливали за борт, и команда садилась в них.

«Судовые учения?»  думал командир. « Но почему именно в этом районе? Почему у всех одно и то же?»

А с вечера 20 июня, когда «М-96» находилась в районе маяка Бенгтшер, до четырех часов утра 21 июня Маринеско обратил внимание на особо оживленное движение в заливе: по нему прошло тридцать два транспортных судна. Причем абсолютное большинство под германским флагом. «Так вот что беспокоило меня»  пришел к выводу. «Закономерность всех этих «случайностей» Это неспроста!..» Он составил короткое сообщение, затем вызвал на мостик радиста Бережного.