Тема вклада Троцкого в строительство РККА, а также реального содержания дискуссий в большевистской партии о путях строительства Красной армии впервые была затронута, хотя и весьма осторожно, в монографиях и докторской диссертации Ю.И. Кораблева 1970‐х гг.[76] В постсоветский период Ю.И. Кораблев смог реализовать в полном объеме свои многолетние исследовательские наработки по советской военно-политической истории[77].

Процесс организационного развития высших военно-политических органов и отдельных структурных подразделений советского центрального военного аппарата в годы Гражданской войны рассмотрен в докторской диссертации Я.Г. Зимина[78] и нашей монографии «Высшие кадры Красной армии»[79]. Так называемую «Завесу» обороны, действовавшую весной – летом 1918 г. вместо упраздненных по условиям Брестского мира вооруженных сил, изучил Н.Д. Егоров[80].

Аппарат управления РККА, без изучения истории которого в принципе невозможно исследование советской военно-политической истории, стал предметом трудов С.М. Кляцкина, М.А. Молодцыгина и А.В. Крушельницкого. В монографии С.М. Кляцкина кратко рассмотрены история создания и деятельности высшего военного коллегиального органа – Высшего военного совета; основные направления военного строительства в годы Гражданской войны, дана основная информация о Реввоенсовете Республики и системе подчиненных ему центральных органов военного руководства. В статье «120 дней Наркомвоена» М.А. Молодцыгин впервые проанализировал организацию руководства военным ведомством в период с 3 марта (времени создания Высшего военного совета) по июль 1918 (V Всероссийский съезд Советов) и смену руководства военного ведомства в марте 1918 г.; основные составляющие «нового курса» и первые шаги по его претворению в жизнь. В кандидатской диссертации и статьях А.В. Крушельницкого изучен процесс создания и начальный этап становления советского центрального военного аппарата (октябрь 1917 – март 1918 г.). А.В. Крушельницкий впервые исследовал процесс овладения большевиками центральными органами Военного министерства в октябре – ноябре 1917 г.; уточнил первоначальный состав коллегии Наркомвоена; изучил основные направления сворачивания структур старого Военного министерства и начальный этап становления новых – «советских». В статьях А.В. Крушельницкого проанализирован персональный состав коллегии Наркомвоена; изучена ликвидация контрреволюционного саботажа в Военном министерстве, имевшая место после Октябрьской революции; в соавторстве с М.А. Молодцыгиным по протоколам заседания коллегии проанализированы первые шаги советских военных руководителей по реорганизации доставшегося им центрального военного аппарата[81].

Стала предметом современных исследований дискуссия о необходимости сохранения ВЧК, развернувшаяся летом 1918 г. и закончившаяся в преддверии VIII съезда РКП(б) 1919 г.

И.С. Ратьковский исследовал политику массового красного террора в Советской России в 1918 г., нашедшую свое выражение прежде всего в деятельности ВЧК и местных чрезвычайных комиссий. И.С. Ратьковский справедливо подчеркнул, что красный террор не ограничивался рамками 1918 г., однако «именно этот период дает наиболее четкую картину воплощения идеи политического и классового, отчасти социально-экономического террора»[82]. Дискуссии о судьбе ВЧК в конце 1918 – начале 1919 г. И.С. Ратьковский посвятил главу своего исследования[83] и сделал следующий вывод: «Толчком к началу [дискуссии] послужило выявление нескольких сотен случаев злоупотребления своим служебным положением при проведении красного террора сотрудниками чрезвычайных комиссий. В условиях резкого увеличения полномочий ЧК и слабого контроля над их деятельностью многие чекисты не выдерживали испытания властью. Массовый характер подобных преступлений выявил серьезные недостатки в системе чрезвычайных комиссий»