Но человеческий разум сам по себе – сомнительное основание для абсолютной истины. Он склонен к ошибкам и заблуждениям. Лишь выступая в качестве «агента» Бога, разум в состоянии стать источником абсолютного знания. Так складывается основная схема рационалистической философии: Бог изначально закладывает в человеческий разум ряд (врожденных) идей, которые впоследствии при соответствующих разработке и развитии становятся основаниями абсолютного научного знания. Опыт – лишь источник фактического материала, которым заполняются рационалистические схемы. Прекрасный образец этого – математика, наука, которою так любили рационалисты, и которой они так много занимались. Математика исходит из чистых (внеопытных), интуитивных оснований и посредством их анализа создает самое себя. И лишь затем математическое знание прилагается к познанию мира, данного нам в опыте. (Впрочем, это лишь одна, хотя и довольно распространенная, интерпретация природы математического знания).

Налицо любопытнейшая переформулировка основной схемы предшествующей средневековой христианской культуры. Христианский мыслитель познавал мир, опираясь на Священное Писание. Гарантом истинности такого познания был Бог, от которого и исходило Писание. Рационалисты же познают мир, опираясь на врожденные идеи разума. Гарантом истинности этих идей также остается Бог.

Очевидно, что этой логике совершенно чужда идея зависимости разума от материи. Подобная зависимость могла бы поставить под сомнение глубину и адекватность связи разума и Бога. Разум как «официальный» медиум Бога не может зависеть от какой-то материи. Разум должен быть независимой, самостоятельной субстанцией.

Но есть и еще одно обстоятельство. Декарт был верующим человеком. Но при этом он был и настоящим ученым. И как ученый он осознавал, в каком печальном положении находится современная ему наука. Под наукой в те времена подразумевали, прежде всего, науки о природе. Сфера социального и человеческого всецело находились в ведении религии.

Пробуждающийся научный разум всегда начинает с того, что определяет предметом своего познания природу – сфера социального слишком сложна и туманна для него. Лишь детальная и успешная проработка научных методов в деле исследования природы, позволяет со временем приступить к познанию социального и человеческого. Добившись успеха в познании окружающего мира (природы), человек в состоянии рефлексивно вычленить себя из этой природы и обратить познание на самого себя.

Но и науки о природе также испытывали мощнейшее, почти тотальное влияние религиозной парадигмы, а, значит, и метафизической философии, усвоенной христианством. Сама природа религии тесно связана с мистическим и мифологическим. В христианстве же эти элементы были основательно проинтерпретированы в духе метафизики Платона и Аристотеля. Соответственно, наука Средневековья могла существовать лишь в этих формах. Исследуя природу, средневековый ученый постоянно использовал метафизические, мистические, магические, мифологические «термины» и «методы». Естественно, результат подобного «научного» познания был весьма плачевным.

Своим тезисом об автономности материи и сознания Декарт фактически пытается развести в разные стороны науку и религию. Он желает очистить поле науки, то есть знание о природе, от каких-либо мистических, метафизических, магических и мифологических элементов. Он вовсе не собирается отрицать важность и ценность этого религиозного «коктейля». Он лишь указывает на то, что все это важно, прежде всего, для души, для сферы духа. В познании же природы все это не имеет особой ценности. Проще говоря, задумываясь о спасении души, мы с необходимостью должны обратиться к Священному Писанию, к учению святой матери церкви и к тем древним авторам, которые позволяют нам глубоко и точно понять и то, и другое. Но изучая природу, мы должны на время забыть обо всем этом. Материя и мышление автономны и никак не связаны друг с другом. Следовательно, каждая из этих сфер требует своих специфических методов познания.