В Дагестане с началом перестройки Дагестанский обком КПСС возглавил аварец М. Ю. Юсупов (затем работал торговым представителем в Греции). Будучи мягким интеллигентным руководителем, М. Ю. Юсупов не смог удержать власть в ходе начавшихся бурных событий. При нем стало активно развиваться национально-демократическое движение, большое влияние имел играл второй секретарь обкома партии русский В. А. Коробейников (затем замененный на С. Н. Решульского, в дальнейшем одного из лидеров фракции КПРФ в Государственной Думе РФ в 1990—2010-е годы). В 1987 году было решено отправить на «политическую пенсию» тогда 57-летнего председателя Совета министров Дагестанской АССР даргинца Магомедали Магомедовича Магомедова – это в регионе было принято делать путем формального «повышения» на не имевший ранее реальной власти пост председателя Президиума Верховного Совета ДАССР, а председателем Совмина ДАССР вместо него стал кумык А. М. Мирзабеков. В 1989 году М. Ю. Юсупов ушел в отставку с поста первого секретаря обкома и новым первым секретарем стал аварец М. Г. Алиев, который имел репутацию более сильного, чем Юсупов, лидера. Понимая, что КПСС теряет власть, М. Г. Алиев хотел совместить посты первого секретаря и председателя Президиума Верховного Совета ДАССР, оттеснив М. М. Магомедова. Однако эти планы вызвали сильное возмущение даргинцев. Поняв, что ситуация на его стороне, М. М. Магомедов уходить «по-тихому» не захотел, публичный скандал был никому не нужен, и в результате М. М. Магомедов остался на посту, который после распада СССР стал высшим в новом Дагестане. Таким образом, вместо почетной отставки М. М. Магомедов стал первым лицом республики, и на первые роли вышли даргинцы.

Во главе регионов даже стали появляться не являющиеся представителями партийного (т. е. КПСС) истеблишмента «варяги». Так, на Сахалине председателем облисполкома стал проректор по международным связям Московского института народного хозяйства им. Г. В. Плеханова в 1987–1990 годах В. П. Федоров.

Появление неподконтрольных партийному руководству депутатов, деятельность новых общественных организаций, наконец, фрагментация внутри самой КПСС дополнительно усиливали процесс все больших расхождений в составе советского и партийного руководства (что ярко отразилось на уровне выборов народных депутатов РСФСР и руководства Верховного Совета РСФСР). На этом фоне роль властей Советского Союза неуклонно ослабевала, лидеры ряда союзных республик явно усиливали самостоятельность, а новые власти ряда республик вступили в противостояние с союзным центром.

Особое значение имело приобретение после марта 1990 года собственного фактического руководства крупнейшей республикой Советского Союза – РСФСР (ранее имелись лишь институционально слабые формальные советские органы РСФСР, де-факто республикой напрямую управляло руководство ЦК КПСС, так как своей компартии РСФСР не имело). 29 мая 1990 года председателем Верховного Совета РСФСР был избран смещенный в 1987-м с поста первого секретаря Московского горкома КПСС Б. Н. Ельцин (с третьей попытки, набрав 535 голосов против 467 голосов за председателя Совета министров РСФСР А. В. Власова). 12 июля 1990 Б. Н. Ельцин вышел из КПСС. Таким образом, прежняя фактическая личная уния высшего руководства СССР и РСФСР исчезла. Неудивительно, что в борьбе за усиление своей политической субъектности новое руководство РСФСР конкурировало в первую очередь с руководством СССР. Поэтому главным направлением реформы, в котором были едины представители практически всех политических сил, вовлеченные в деятельность российских органов власти, стала борьба за утверждение суверенитета республики. Кроме того, для достаточно весомой демократической части российских властных структур важную роль играло стремление избавиться от руководящей роли структур компартии. Эти два мотива оказались взаимосвязаны, поскольку до середины 1990 года КПСС не имела собственно российского отделения, поэтому партийное руководство в отношении новой российской власти означало бы фактически опеку со стороны тесно связанных с КПСС союзных структур. Когда же в июне 1990 года была создана Коммунистическая партия РСФСР (КП РСФСР), в ее руководстве преобладающее влияние получили представители консервативного крыла партии (возглавил КП РСФСР первый секретарь Краснодарского крайкома И. К. Полозков), что лишь усилило стремление российского руководства к избавлению от партийного диктата.