Что касается ситуации с институциональным дизайном на региональном и местном уровне, то проблема заключалась в том, что обеспечить планировавшееся всеобщее совмещение постов первых секретарей и председателей Советов не получилось. Даже безальтернативные выборы не спасли ряд партийных кандидатов от проигрыша. Так на выборах народных депутатов СССР 26 марта 1989 года в 195 округах, где баллотировались один или два кандидата и ни один из них не получил абсолютного большинства (из-за того, что часть избирателей проголосовала против обоих кандидатов или большинство проголосовало против безальтернативного кандидата)[10], выборы окончились безрезультатно. Еще в трех округах выборы были признаны несостоявшимися из-за того, что в них приняло участие менее половины избирателей. Всего потерпели поражение более трех десятков руководителей областных и городских партийных организаций, в том числе первый секретарь Ленинградского обкома КПСС, кандидат в члены Политбюро ЦК КПСС Ю. Ф. Соловьев. Сменивший его вскоре на посту первого секретаря Ленинградского обкома КПСС Б. В. Гидаспов был избран депутатом на безальтернативной основе от Петроградского избирательного округа № 56 (набрал около 55 % голосов) и оказался единственным из 6 баллотировавшихся членов бюро Ленинградского обкома КПСС, кому удалось победить на этих выборах. В Москве проиграли все баллотировавшиеся партийные и советские руководители: председатель Мосгорисполкома, второй секретарь горкома КПСС и два первых секретаря райкомов КПСС (из них двое заняли последние места).

В результате некоторые первые секретари выборы проиграли совсем, другие не смогли возглавить советы (например, не смогли возглавить советы партийные руководители Москвы, Ленинграда и Ленинградской области), часть предпочла перейти на руководящие должности в Советы (в результате преемники первых секретарей в обкомах сосуществовали с обычно более авторитетными и опытными предшественниками, занявшими новые должности). Таким образом переставал работать фактор «личной унии» одного лица, занимающего одновременно пост председателя Совета и первого секретаря. Кроме того, в новых условиях вопросы фактической двойной подчиненности исполкомов, вопросы взаимоотношений «треугольника» из партийного, советского руководства и собственно исполкома не были в достаточной степени урегулированы.

По данным В. В. Иванова, из 301 членов ЦК КПСС депутатские мандаты Съезда народных депутатов СССР в 1989 году получили только 93, из 157 кандидатов в члены ЦК – только 41. Из 77 первых секретарей российских региональных комитетов КПСС, выдвинувшихся в округах, победил лишь 51. В 1990 году в РСФСР первые секретари возглавили Советы в 45 регионах (двух председателей Советов – Ивановской и Ульяновской областей – в дальнейшем избрали первыми секретарями). Несколько первых секретарей, избранных председателями Советов, вскоре ушли на повышение в Москву; их преемники на секретарских постах на председательство даже не претендовали (Краснодарский и Красноярский края, Вологодская область)[11].

Де-факто в разных регионах реальные позиции лиц, занимавших партийные и советские должности (председатель совета, председатель облисполкома), имели существенные отличия в том числе по причине личного фактора и личного авторитета.

К примеру, в марте 1990 года состоялись выборы Верховного Совета Башкирской АССР, его председателем 6 апреля 1990 года был избран М. Г. Рахимов, работавший тогда директором Уфимского нефтеперерабатывающего завода имени XXII съезда КПСС. Он одержал победу после двух раундов борьбы с четырьмя первыми секретарями райкомов и горкомов партии и ректором Башкирского госуниверситета (во втором туре соперником Рахимова был первый секретарь Стерлитамакского ГК КПСС М. Резбаев). Башкирская партноменклатура не смогла объединиться и выставить единого кандидата, в результате законодательную власть возглавил «новичок», представитель нефтяников и директорского корпуса. В тот момент раскола в элите М. Г. Рахимов многими воспринимался как временная и компромиссная фигура, неспособная серьезно вмешаться в борьбу за реальную власть. Как показало время, они жестоко ошиблись и это решение оказалось крайне важным для последующей истории Башкортостана. С тех пор до 2010 года М. Г. Рахимов оставался бессменным лидером Башкортостана. Председателем Совета министров республики к весне 1990 года был М. П. Миргазямов (он возглавил Совмин Башкирской АССР еще в 1986-м, ранее был первым секретарем Туймазинского горкома КПСС), приобретший на посту руководителя правительства большое влияние и неоднократно выступавший в 1990–1992 годах с альтернативными и отличающимися от взглядов М. Г. Рахимова предложениями. С крахом КПСС пост председателя Верховного Совета оказался ключевым в республике, и М. Г. Рахимов сделал все, чтобы постепенно сосредоточить в своих руках максимальную власть.