Отдельные не предусмотренные федеральным законодательством вопросы в ряде случаев решались в судебном порядке. К примеру, на выборах главы администрации Курской области Президиум Верховного суда РФ за четыре дня до дня голосования обязал облизбирком зарегистрировать А. В. Руцкого, поскольку в областном законе не было оговорено, что годичный срок проживания в области должен обязательно предшествовать дню проведения выборов. На выборах Председателя Правительства Хакасии отказ в регистрации Алексея И. Лебедя был отменен республиканским судом, признавшим, что семилетний ценз оседлости не соответствует федеральному законодательству.

Качество региональных законов о выборах часто было низким. Так, едва не были отменены итоги губернаторских выборов 1996 года в Магаданской области из-за неряшливо написанного областного закона. Норма о необходимости победителю набрать голосов больше, чем было подано «против всех», была написана так, что выборы признаются недействительными, если «количество голосов, поданных против всех кандидатов, больше голосов, поданных за любого кандидата против». При этом «против всех» голосовало 8,1 %, а за занявшего последнее место В. Мирошниченко – 2,0 %.

В Волгоградской области, несмотря на неоднократное рассмотрение предложений областной администрации по снижению 50 %-ной планки для признания выборов состоявшимися на выборах губернатора 1996 года, в том числе на внеочередном ее заседании, фактически сорванном в результате демонстративного ухода из зала группы депутатов, близких к мэру Волгограда Ю. В. Чехову (что сделало принципиально невозможным работу Думы вследствие отсутствия кворума), Волгоградская областная Дума так и не приняла решения о снижении необходимого уровня поддержки до 35 %. Есть мнение, что Шабунин победил бы с первого тура, если бы его сторонникам удалось заставить облдуму проголосовать за «35 %-ный порог»[35].

Были сорваны выборы губернатора в Агинском Бурятском автономном округе 27 октября 1996 года, так как в бюллетене было всего два кандидата и оба набрали менее 50 % голосов. После выборов региональный закон быстро поменяли, стало достаточно относительного большинства. Кроме того, сняли запрет на участие в повторных выборах для тех, кто не был избран на основных. В Краснодарском крае сорвались выборы 27 октября 1996 года из-за того, что не был преодолен установленный в регионе 50 %-ный порог явки.

Институционально-правовой конфликт был связан с выборами губернатора Тюменской области 1996 года. Для администрации Л. Ю. Рокецкого было важно провести выборы на всей территории области. Первоначально они намечались на декабрь 1996 года, но так как округа выбирали своих губернаторов раньше (13 октября 1996 года голосовал Ямало-Ненецкий автономный округ, 27 октября 1996 года – Ханты-Мансийский), то такой срок грозил срывом областных выборов. При этом в июне 1996 года было принято решение облдумы о переносе срока выборов губернатора Тюменской области, однако власти округов его не признали, как не согласованное с ними. На основании указа Президента РФ 13 сентября облдума назначила областные губернаторские выборы на 27 октября вместе с выборами в Ханты-Мансийском АО, но Ямал свои выборы перенести на этот день отказался. Таким образом, выборы тюменского губернатора в октябре были сорваны (они, кстати, нарушали и положенные сроки объявления выборов). Под давлением администрации президента РФ окружные власти подписали соглашение об участии в выборах в декабре, однако уже 23 октября 1996 года Государственная Дума ЯНАО решила их на территории округа не проводить. 16 декабря под давлением парламент ЯНАО все же принял решение о том, что выборы могут пройти, но только за счет областного бюджета и только для жителей области и ХМАО, оказавшихся в день выборов 22 декабря на Ямале. Однако уже 17 декабря даже такая символическая уступка Ямала была отменена.