Основная часть увольнений самим федеральным центром назначенных губернаторов пришлась на период подготовки к массовым прямым выборам губернаторов 1996 года: очевидно не пользующихся значимой поддержкой увольняли, не дожидаясь выборов, и попытались заменить на более избираемых. Всего таких замен в 1996 году было 15 в 14 регионах (из них подряд две в Калужской области – вначале зам. губернатора В. С. Пахно, потом бывший представитель президента РФ в области О. В. Савченко). Из этих 14 регионов в шести новые назначенцы затем были избраны, еще в одном (Агинском Бурятском автономном округе) выборы сорвались, в 7 регионах даже новые назначенцы выборы проиграли. Как правило, новых назначенцев центр искал в той же администрации среди чиновников, уже имеющих управленский опыт, но не имеющих значимого антирейтинга. В частности, стали губернаторами заместитель главы администрации Архангельской области – руководитель представительства Архангельской области при Правительстве РФ А. А. Ефремов; первый заместитель губернатора Пермской области Г. В. Игумнов; начальник Рязанского областного управления сельского хозяйства и продовольствия, заместитель главы администрации области И. А. Ивлев; первый зам. главы администрации Брянской области А. М. Семернев; первый заместитель губернатора Калужской области В. С. Пахно. Было назначено губернаторами 5 мэров или заместителей мэров: первый заместитель главы администрации города Саратова Д. Ф. Аяцков, мэр Череповца В. Е. Позгалев, мэр Читы Р. Ф. Гениатулин, мэр Воронежа А. Н. Цапин, мэр Благовещенска Ю. Г. Ляшко. Более нестандартными были назначения в Ненецком АО и второе назначение в Калужской области – управляющий отделением Пенсионного фонда РФ по Ненецкому автономному округу В. В. Хабаров и бывший представитель президента РФ в Калужской области, председатель Комитета ЗС по комплексному развитию области О. В. Савченко.
В двух случаях выбор федерального центра пал на бывших спикеров региональных парламентов – председатель ЗС Ивановской области, бывший первый секретарь обкома КПСС В. Н. Тихомиров (единственный пример бывшего первого секретаря обкома, ставшего явным «реформатором») и бывший народный депутат РФ, экс-председатель Агинского Бурятского окружного Совета народных депутатов Б. В. Аюшиев. Самой нестандартной и одновременно безнадежной стала замена в Краснодарском крае – 15 июля 1996 года на пост главы региона был возвращен фактически по его собственной просьбе губернатор до 1994 года Н. Д. Егоров, потерявший пост руководителя администрации президента РФ в результате перестановок.
Последнее назначение главы региона указом президента РФ Б. Н. Ельцина произошло в 1997 году в Кемеровской области: федеральный центр, также не дожидаясь выборов, заменил губернатора М. Б. Кислюка на заведомого победителя предстоящих выборов председателя Законодательного собрания Кемеровской области в 1994–1996 годах, министра РФ по сотрудничеству с государствами-участниками СНГ А. М. Тулеева.
Во второй половине 1996 года, после выборов Президента РФ в июне-июле 1996 года, начинаются массовые прямые выборы губернаторов. С их началом гипертрофированные полномочия губернаторов при формировании администраций (в большинстве регионов в новых условиях созданные вместо советов законодательные собрания согласовывали лишь назначение первых заместителей) стали де-факто еще более значительными благодаря их прямой легитимности и получению ими места членов Совета Федерации РФ и парламентского иммунитета.