Выявленные в следе (отображении) общие признаки сопоставляют с общими признаками идентифицируемого (проверяемого) объекта. В случае различия существенных общих (групповых) признаков процесс идентификации прекращается и формулируется вывод об отсутствии тождества. При положительном решении вопроса о групповой принадлежности продолжается раздельное исследование – частных признаков. Уясняется их сущность, механизм следообразования, устойчивость, идентификационная значимость. На данной стадии эксперт использует сведения предметных разделов науки, являющихся основой криминалистических экспертиз: трасологии, баллистики и т. д. В каждой из них определены общие и частные идентификационные признаки, разработаны методы их выявления и изучения.

Стадия раздельного исследования может сопровождаться проведением эксперимента, хотя это действие не является обязательным и может не проводиться, если в нем нет необходимости. Входе эксперимента получают образцы для сравнительного исследования (пуль, гильз, следов разреза, почерка и т. д.). Он позволяет определить отображаемость признаков в следах, отграничить необходимые признаки от случайных, лучше понять механизм следообразования. Эксперимент осуществляют в условиях, максимально приближенных к тем, в которых протекало событие. Обязательным условием эксперимента является многократное повторение опытов с целью получения стабильных результатов.

На стадии сравнительного исследования производится сопоставление частных признаков сравниваемых объектов. Это самый ответственный и сложный процесс, поскольку наряду с совпадающими всегда приходится иметь дело с некоторыми различающимися признаками.

Сопоставление тех и других сопровождается анализом и оценкой их качественных и количественных особенностей, обусловленных природой и механизмом образования, характеризуемых устойчивостью и взаимосвязью. В итоге устанавливается совпадение как отдельных признаков, так и их индивидуализирующих совокупностей в целом. При этом решается двуединая задача:

1) являются ли различия признаков, их несходство (несовпадение) существенными или нет, можно ли ими пренебречь как несущественными, предварительно объяснив причины различия;

2) является ли совокупность совпадающих общих и частных признаков неповторимой, индивидуальной, т. е. достаточной для вывода о тождестве.

Таким образом предопределяется возможность оценить в целом результаты идентификационного исследования и сформулировать соответствующие выводы. На этой стадии устанавливается, какие признаки (различия или совпадения) преобладают в сравниваемых объектах; чем объясняются имеющиеся различия, являются ли они закономерными или случайными, естественными или искусственными, существенными или несущественными; не исключают ли они возможности вывода о тождестве.

Для правильной оценки обнаруженных различий необходимо изучить условия хранения проверяемых предметов, режим их эксплуатации, возрастные, патологические и умышленные изменения проверяемых лиц.

В настоящее время все большее значение в практике идентификационных исследований приобретают методы исследования и оценки результатов с использованием современных компьютерных технологий. Разработаны и уже активно используются в криминалистической практике различные банки данных и информационно-поисковые программы идентификации целого ряда объектов судебной экспертизы (отпечатков пальцев – АИПС «Папилон», стреляных пуль и гильз – РАСТР и др.). Использование этих систем не только позволяет ускорить процесс исследования, но и вывести на качественно новый уровень возможности экспертных подразделений в решении идентификационных и других задач при исследовании доказательственной информации.