Во время Антиохийской осады произошёл, спровоцированный князем Бодуэном Тарантским, фактический разрыв крестоносцев с Византией. В феврале 1098 года, в виду острой нехватки продовольствия, протопроедр Татикий увёл византийский отряд от Антиохии на Кипр. Перед оставлением лагеря крестоносцев Татикий передал Бодуэну в управление города Тарс, Адану, Мамистру, как гарантию скорого возвращения византийской армии. При этом Бодуэн сам упрашивал Татикия отвести войска от Антиохии.

Уход византийцев был преподнесён князем Бодуэном, как предательство. Его поддержал племянник Танкред, давний враг Византии. Они же возглавили антивизантийскую партию.

Сторонники союза с императором папский легат Адемар Монтейльский (умер 1.08.1098) и граф Тулузы, отправили в Константинополь посольство, во главе с графом Гуго де Вермандуа и графом Бодуэном де Эно. Однако император Алексей I Комнин не решился продолжать поход в Сирию, предпочитая, довольствоваться уже достигнутыми успехами, и укрепиться в Малой Азии.

Не достигнув соглашения, граф Вермандуа вернулся во Францию, а граф Эно погиб в стычке с турками. Это развязало руки князю Бодуэну, получившему обоснования, чтобы не передавать Антиохию императору. Он начал настоящую травлю Византии, отказавшись от дальнейшего похода на Иерусалим. И ещё до падения Антиохии предъявил свои права на город.

3 июня 1098 года франки вступили в Антиохию, лишь незначительная часть мусульманского гарнизона смогла укрыться в цитадели. Но уже 5 июня к Антиохии подошли мусульманские войска, и крестоносцы сами оказались в окружении. Однако крестоносцам удалось разгромить мусульман. 28 июня сдались остатки гарнизона, укрывшегося в цитадели. Весь город оказался под властью рыцарей. Над Антиохией стал развиваться пурпурный флаг Бодуэна Тарантского.

Захват Антиохии вовсе не означал установления там личной власти Бодуэна. На город предъявил права другой могущественный сеньор граф Тулузы. Тем более на военном совете 3 июля было решено не выступать на Иерусалим в течение лета. Рыцари боялись изнурительной жары. Поход был намечен на 1 ноября. Поэтому обосновавшись в захваченных крепостях, руководители крестоносцев принялись утверждать свои права на завоёванные владения.

За Антиохию между Бодуэном Тарантским и Раймондом Тулузским разгорелась нешуточная борьба. Однако в этом конфликте успех был на стороне хитрого нормандца. Граф Тулузы, будучи вспыльчивым и несдержанным совершал одну ошибку за другой, лишаясь поддержки высокородных баронов. Граф обосновался во дворце эмира. Тем временем Бодуэн был наделён рыцарями званием «владыки и защитника города», поскольку сыграл главную роль в захвате Антиохии. На этом основании он смог занять цитадель.

Тогда граф Раймонд потребовал выделить ему в управление часть города, что вызвало возмущение других предводителей крестоносцев. Тогда Тулузский граф апеллировал к Византийскому императору, которому, по договорённости заключённой ещё в начале похода в Константинополе следовало передать захваченный город. Но посланное посольство графа Вермандуа и графа Эно не вернулось. Со временем князя Бодуэна стали рассматривать как владыку Антиохии. Он 14 июля своей властью передал генуэзцам городской квартам, в обмен на снабжение Антиохии продовольствием и предоставление военной помощи.

На общем совещание крестоносцев происходившем в соборе Святого Петра с 3 по 18 ноября Бодуэн прямо предъявил свои права на Антиохию, заявив, что станет защищать город от мусульман. В противном случае он со своим отрядом вернётся в Италию. Эта угроза побудила рыцарей прийти на компромисс. Город был передан под власть Бодуэна, но граф Тулузский получил свою часть, с эмирским дворцом и укреплёнными городскими воротами. Бодуэн обязался выступить в поход на Иерусалим.