Томас Санкара стремился революционизировать систему обороны страны, опираясь на Комитеты защиты революции. Считая, что «солдат без политического образования есть потенциальный преступник», Санкара стремился к демократизации системы управления вооруженными силами и одновременно к политическому просвещению солдат, унтер-офицеров и офицеров. Комитеты защиты революции должны были организовать всеобщее вооружение народа, а народное ополчение – Народная национальная служба (SERNAPO) – дополнить армию, постепенно заменив ее собой. В ходе борьбы за власть Санкарой были ликвидированы многие высокопоставленные и опытные офицеры старой вольтийской армии, придерживавшиеся «правых» и прозападных взглядов. Часть уцелевших от репрессий, но не согласных с политикой Санкары, была вынуждена эмигрировать. Ослабление вооруженных сил существенно усложнило положение Буркина-Фасо во время следующего пограничного конфликта с Мали в 1985 г.

Вместе с тем социальная политика Санкары вызывала значительное недовольство среди части офицерского корпуса страны. Многие офицеры, начинавшие службу еще до прихода Санкары к власти, не были довольны минимизацией затрат на содержание государственных служащих, попыткой передать функции обороны и безопасности революционным комитетам. Недовольство курсом Санкары проникло и в его ближайшее окружение. Но главную роль в формировании антисанкаристских настроений играла политика ряда зарубежных государств.

Режим Санкары крайне не устраивал страны Запада, в особенности бывшую метрополию – Францию и Соединенные Штаты Америки, которые также были обеспокоены успехом политики «опоры на собственные силы» и отказом от навязываемой помощи подконтрольных США кредитных организаций. Под патронажем Франции даже собиралась конференция стран – соседей Буркина-Фасо, принявшая обращение к Санкаре с требованием прекращения социальной политики. С другой стороны, все более прохладно к политике Санкары относился и влиятельный в Западной Африке ливийский лидер Муаммар Каддафи. Последнего, как и страны Запада, не устраивала чрезмерная самостоятельность буркинийского лидера, его курс на «собственные силы» и противодействие попыткам подчинить экономику страны иностранному влиянию.

Муаммар Каддафи стал обращать все больше внимания на ближайшего сподвижника Санкары еще со времен участия в «Группе офицеров-коммунистов» – капитана Блеза Компаоре. В правительстве Санкары Компаоре занимал пост министра юстиции. Хотя этот человек также начинал как патриот и революционер, он казался более уступчивым и сговорчивым. Иначе говоря, с ним всегда можно было договориться. Устраивал Компаоре и Запад, в том числе Францию. В конечном итоге Блез Компаоре возглавил заговор с целью свержения «капитана достойных людей».

Одним из советников Компаоре в вопросе организации вооруженного мятежа выступил либерийский полевой командир Чарльз Тэйлор. Впоследствии этому человеку в результате гражданской войны в Либерии удалось прийти к власти и установить кровавую диктатуру, но сегодня он – заключенный Гаагской международной тюрьмы. На процессе по делу Тэйлора его ближайший соратник Принс Джонсон подтвердил, что именно Тэйлор являлся автором плана по свержению Томаса Санкары в Буркина-Фасо.

Кстати, познакомил либерийца Тэйлора и министра юстиции Буркина-Фасо Компаоре никто иной, как лидер Ливийской Джамахирии Муаммар Каддафи. Стремясь распространить свое влияние на Либерию и Сьерра-Леоне с их алмазными копями, Каддафи сделал ставку на Чарльза Тэйлора, однако последнему требовалась поддержка других западноафриканских стран в случае начала полномасштабной гражданской войны в Либерии. Такую поддержку обещал дать Блез Компаоре, но для этого требовалось обеспечить его приход к власти в Буркина-Фасо. Томас Санкара же, первоначально не возражавший против оказания помощи Тэйлору, выступил против подготовки либерийских боевиков на территории Буркина-Фасо. Соответственно, у Тэйлора появились сильные мотивы к соучастию в свержении Санкары и захвате власти Блезом Компаоре.