История взаимоотношений Томаса Санкары с Муаммаром Каддафи – куда более знаменитым революционером, теоретиком «третьего пути» развития и панафриканистом, – началась в 1981 году, когда Санкара был назначен государственным секретарем по вопросам информации при правящем режиме полковника Сеи Зербо. Именно тогда Ливия открыла свое посольство в Уагадугу, а после назначения Санкары премьер-министром в 1983 г., после прихода к власти Жана Батиста Уэдраого, отношения двух государств только окрепли. Не без поддержки Каддафи и ганского лидера Джерри Ролингса Санкаре удалось власть в свои руки. Визит Каддафи в Уагадугу в октябре 1985 г. вызвал резко негативную реакцию западных держав, которые увидели в этом посягательство на собственные интересы в Западной Африке.

Однако, помимо революционной солидарности, Каддафи преследовал и куда более прагматичные интересы укрепления ливийского влияния в Западной Африке, в том числе и экономического. Возможно, именно осознание Санкарой этого факта привело к постепенному ухудшению отношений между двумя лидерами и подтолкнуло Каддафи к поддержке политических соперников Санкары. Вполне вероятно, что Муаммар и по-человечески испытывал ревность к молодому и достойному руководителю Буркина-Фасо, набиравшему популярность не только в собственной стране, но и за ее пределами. Со временем Санкара стал любимцем народных масс всей Западной Африки, и это не могло не настораживать Каддафи, который хотел видеть в роли революционного лидера и кумира африканских народов прежде всего самого себя.

Серьезным минусом политики Санкары стал конфликт с соседним Мали, последовавший в 1985 году. Поводом для конфликта послужили споры вокруг богатой полезными ископаемыми Агашерской полосы на границе обоих государств. Мали давно претендовала на эту территорию. Собственно, именно с ней связан и первый боевой опыт созданной 21 ноября 1961 года вольтийской армии. Еще в 1974 году произошел кратковременный конфликт с Мали, в котором в качестве офицеров участвовали лейтенанты Томас Санкара и Жан Батист Лингани – будущие руководители революции 1983 года. Этот кратковременный конфликт с Мали был предотвращен благодаря вмешательству в качестве посредников президентов Гвинеи и Того – Ахмаду Секу Туре и Гнассингбе Эйадема. Однако боевые действия дали возможность выдвинуться и завоевать авторитет в армии и обществе ряду младших офицеров вольтийской армии, отличившихся во время сражений с превосходящим по силе противником.

Повторно конфликт вспыхнул в 1985 году. Когда в Буркина-Фасо проводилась перепись населения, буркинийские переписчики случайно перешли малийскую границу и зашли в стойбище кочевников-фульбе. В ответ Мали обвинило Буркина-Фасо в нарушении своей территориальной целостности. 25 декабря 1985 года началась Агашерская война, продлившаяся пять дней. За это время малийским войскам удалось оттеснить буркинийскую армию и занять территорию нескольких деревень. При этом погибло около трехсот человек. Война взбудоражила страны Западной и Северной Африки. Вмешались Ливия и Нигерия, пытавшиеся взять на себя роль посредников, но им не удалось прекратить кровопролитие. Более успешными оказались усилия президента Кот-д’Ивуара Феликса Уфуэ-Буаньи. 30 декабря стороны прекратили боевые действия.

Война с Мали выявила существенные недостатки военной политики Санкары. Президент достойных людей, проводя свои социальные реформы, недооценивал происходящие в вооруженных силах страны процессы. Полковник Чарльз Уаттара Лона написал статью «Необходимость военной реформы», в которой как военнослужащий и историк дал оценку политике Санкары в военной сфере.