1 декабря 1918 г. по решению II Всероссийской конференции чрезвычайных комиссий коллегия ВЧК приняла Инструкцию чрезвычайным комиссиям на местах. В ней говорилось, что в местностях, расположенных в пограничной полосе, образовывались пограничные ЧК, на которые, как и на другие органы ЧК, возлагался ряд задач. Среди основных из них указывались: «наблюдение за лицами, проезжающими через границу» и «наблюдение и регистрация всех проезжающих через границу и тщательная проверка документов на право выезда и въезда», а также другие задачи, не связанные непосредственно с охраной государственной границы.

Основной причиной такого разнообразия задач было то, что на пограничные ЧК и их комиссаров были возложены задачи местных ЧК. 2 сентября 1918 г. делегаты совещания ПЧК приняли решение: «Все губернские, уездные ЧК, расположенные вдоль демаркационной линии, переименовываются в пограничные ЧК, которые разделяются на окружные, участковые и пунктовые и находятся в подчинении пограничного подотдела ВЧК». Следовательно, как правомерно делает вывод профессор А.М. Хайров, со сменой названия местных ЧК существенных изменений в решении возлагавшихся на них задач не произошло[445].

Гражданская война потребовала совершенно иных подходов к охране государственной границы. Все вооруженные силы Республики, в том числе и пограничная охрана, были переданы в ведение военного ведомства.

Пограничная охрана, получившая одновременно с реорганизацией наименование пограничных войск, с возникновением на охраняемых участках границы фронтов, полностью перешла в состав действующей армии. В июле 1919 г. (частично по некоторым границам даже с начала 1919 г.) в связи с расширением фронтов Гражданской войны, пограничные войска были мобилизованы и по постановлению СРКО от 18 июля 1919 г. переданы в ведение военного ведомства в состав действующей Красной армии.

Вслед за передачей пограничных войск в военное ведомство был упразднен Военный совет пограничных войск и расформировано ГУПВ[446].

В этих условиях некоторые ПЧК были преобразованы в пограничные особые отделения, на которые возлагались задачи борьбы с контрреволюцией и шпионажем в соединениях и частях действующей армии и в прифронтовой полосе. Особый отдел ВЧК подготовил пограничным особым отделениям соответствующую инструкцию.

В ней, в частности, указывалось, что на границах РСФСР с государствами, с правительствами которых заключен мир, учреждался институт пограничных органов особого отдела ВЧК, в обязанности которых входило осуществление политического контроля за переходом границы лицами, следующими в РСФСР и из нее, а также наблюдение за охраной самой границы.

Для практического осуществления надзора за границей местные особые отделы по распоряжению особого отдела ВЧК в определенных местах перехода границ должны были создать пограничные особые отделения и посты по установленным штатам.

Определялось, что пограничные органы ОО ВЧК вели наблюдение за лицами, товарами и грузами, следовавшими через границу, посредством проверки документов и присутствия при досмотре багажа и товаров, руководствуясь исключительно установленными ОО ВЧК секретными инструкциями.

С июля 1919 г. и до конца Гражданской войны пограничной охраны не существовало, да и фактически не существовало границ, а было окружение Советской Республики белогвардейскими фронтами.

Несмотря на отсутствие границ, в сентябре 1919 г. при Народном комиссариате торговли и промышленности (НКТП), в который было передано из Наркомфина Главное управление таможенного контроля, был образован для борьбы с экономической контрабандой отдел пограничного надзора, который существовал до организации новой пограничной охраны в 1920 г., т. е. до момента ликвидации некоторых фронтов и установления с рядом государств границ (Финляндия, Латвия, Эстония).