Транспортным ЧК вменялось в обязанность наблюдать за своевременной разгрузкой железнодорожных составов соответствующими органами и организациями и в случае невыполнения работ в назначенный чрезвычайной комиссией срок привлекать их к ответственности. При контроле за выполнением этих работ, а также при обеспечении продвижения военных грузов транспортная ЧК действовала совместно с комендантами станций. Окружным транспортным отделам предоставлялось право применять высшую меру наказания или же предавать суду военно-революционного трибунала лиц, уличенных во взяточничестве, в хищении грузов и железнодорожных материалов, а также железнодорожников, систематически занимавшихся саботажем. Кроме того, определялся порядок пользования органами ЧК железнодорожным телеграфом и обеспечения чекистов продовольствием[393].

Структура транспортных органов ВЧК в годы Гражданской войны неоднократно менялась. В мае 1919 г.[394] в связи с преобразованием округов путей сообщения в дорожные управления НКПС произошло упразднение окружных транспортных отделов ЧК. Вместо них были созданы дорожные транспортные чрезвычайные комиссии как органы управления всеми отделениями ТЧК на железной дороге. ТЧК, деятельность которых распространялась на два и более железнодорожных и водных путей сообщения, стали называться районными транспортными чрезвычайными комиссиями (РТЧК). При узловых станциях и основных депо создавались участковые транспортные чрезвычайные комиссии (УТЧК)[395]. Такие же комиссии образовывались и при крупных пристанях. Транспортные ЧК теперь не подчинялись губернским чрезвычайным комиссиям. ТЧК создавались по экстерриториальному принципу, то есть в соответствии с административным делением НКПС. Высшей инстанцией для них являлся транспортный отдел ВЧК[396].

В соответствии с положением от 10 мая 1919 г. транспортный отдел ВЧК состоял из четырех подразделений: общей части, инспекции, специальной части и следственной части. Общая часть решала вопросы административного характера на основе указаний и постановлений коллегии ТО ВЧК. Инспекция занималась вопросами комплектования, расстановки и воспитания личного состава местных органов ТО ВЧК, вела делопроизводство, осуществляла надзор за точным выполнением местными ЧК распоряжений и постановлений советского правительства по транспорту и руководящих указаний транспортных ведомств. Специальная часть ведала вопросами секретного сыска (разведки). Следственная часть осуществляла контроль за следственной работой местных ЧК, рассматривала апелляционные дела и подготавливала для доклада ВЧК уголовные дела на арестованных, в отношении которых предполагалось применение высшей меры наказания.

Во главе транспортного отдела находились заведующий и два его помощника, а также заведующие частями. Кроме того, в состав отдела входили представители военного ведомства и НКПС.

На местные транспортные ЧК возлагались такие задачи, как борьба с контрреволюцией, саботажем, преступлениями по должности и другими уголовными преступлениями на железных дорогах, водных и шоссейных путях сообщения, наблюдение за порядком на станциях и пристанях.

Одновременно были приняты меры по обеспечению взаимодействия транспортных и территориальных ЧК. В частности, на III Всероссийской конференции чрезвычайных комиссий (июнь 1919 г.) было принято дополнение к приказу ВЧК от 11 мая 1919 г., согласно которому представители губернских чрезвычайных комиссий должны были входить в РТЧК и УТЧК в качестве членов коллегий. Одновременно председатели транспортных ЧК должны были являться членами коллегий губернских ЧК.