Практика деятельности железнодорожных отделов ЧК на местах показала, что многие из них начали проявлять тенденцию к сепаратизму, стремились работать обособленно от других подразделений губчека. В целях пресечения подобных явлений 3 октября 1918 г. ВЧК направила на места разъяснение, в котором указала, что действия руководителей железнодорожных отделов противоречат обращению Совнаркома от 26 июля, в соответствии с которым эти отделы должны действовать в полном согласии с другими подразделениями губернских ЧК и под их контролем. Губернским ЧК было предложено подчинить железнодорожные отделы иногородним отделам.
С 25 по 28 ноября 1918 г. в Москве состоялась II Всероссийская конференция ЧК, сыгравшая важную роль в совершенствовании структуры чекистских органов, в том числе и ЧК на транспорте. Так, заслушав доклад члена коллегии ВЧК В.В. Фомина об организации борьбы с контрреволюцией, спекуляцией и преступлениями по должности на транспорте, конференция постановила образовать при ВЧК транспортный отдел (ТО), который распространял бы свою деятельность не только на железные дороги, но и на водные и шоссейные пути сообщения, а также на почтово-телеграфные учреждения[388]. Во всех городах, где находились окружные железнодорожные управления, предусматривалось создать соответствующие ТО при губернской или областной ЧК, подчиненные непосредственно ТО ВЧК. Губернские и областные ЧК, согласно постановлению конференции, сохраняли за собой по отношению к транспортным отделам лишь контрольно-следственные функции[389].
По решению конференции транспортные органы ВЧК наряду с выполнением основных задач по борьбе с контрреволюцией, саботажем и спекуляцией принимали от железнодорожной охраны функции уголовного розыска и обязывались совместно с представителями НКВД решать вопросы, связанные с выдачей пропусков на право проезда по железным дорогам и водным путям, осуществлять контроль грузов и пассажиров и наблюдать за общим порядком в полосе отчуждения[390].
Начальником транспортного отдела ВЧК был назначен член компартии с 1909 г. И.П. Жуков, бывший член Верховного трибунала при ВЦИК.
К началу 1919 г. сеть чекистских органов на транспорте представляла собой: транспортные отделы при ВЧК и при губернских ЧК; отделения по борьбе с контрреволюцией, саботажем и преступлениями по должности (железнодорожные ЧК (ЖЧК) на железнодорожных узлах и крупных станциях; комиссаров ЧК на небольших станциях и пристанях.
Организационному укреплению транспортных чрезвычайных комиссий, более четкому определению их функций и объема полномочий служило и принятое 1 марта 1919 г. постановление СРКО «Об урегулировании взаимоотношений между ВЧК, ЖЧК и НКПС», в основу которого был положен подготовленный В.И. Лениным 28 февраля 1919 г. проект[391]. Оно дополнило постановление СРКО «О невмешательстве железнодорожных ЧК в распоряжения железнодорожной администрации» от 24 февраля 1919 г.[392]
В этих документах излагались правила взаимодействия транспортных ЧК с железнодорожной администрацией в целях повышения эффективности работы железных дорог. Для этого же в транспортный отдел ВЧК вошли представители Наркомвоена и член коллегии НКПС.