Систему ЧК в Красной армии возглавлял военный отдел ВЧК, организованный 15 ноября 1918 г. на базе ранее созданного военного подотдела при отделе ВЧК по борьбе с контрреволюцией. Возглавил военный отдел М.С. Кедров[278].

Приказом ВЧК от 27 декабря 1918 г. № 121 подобные отделы было предписано организовать на местах. Всем губернским ЧК предлагалось немедленно организовать военные отделы из трех-четырех сотрудников. На военотделы возлагалась организация наблюдения в воинских частях и военных учреждениях губернии, борьба с контрреволюцией, шпионажем и преступлениями по должности в Красной армии. В уездных ЧК подобные функции возлагались на одного из сотрудников. Военным отделам предписывалось поддерживать тесную связь с ячейками РКП(б) воинских частей и военных учреждений, а также со всеми уездными ЧК. Устанавливалась еженедельная отчетность перед ВЧК, куда направлялись сводки о положении дел в губернии, об арестованных лицах командного состава. Все законченные на военнослужащих дела также направлялись в военный отдел ВЧК.

Военные отделы первое время организовывали военно-регистрационные бюро, которые взяли на учет всех лиц командного состава, были также учтены все бывшие офицеры. Все менявшие место пребывания должны были отмечаться в бюро. Отделы давали справки о задержанных и информировали соответствующие инстанции о подозрительных лицах. Сведения собирались официально через комиссаров частей, неофициально – через партийные ячейки и отдельных красноармейцев. Однако сведения поступали нерегулярно, отрывочные и большей частью малозначительные.

В конце 1918 г. начало функционировать особое бюро при Московском окружном военном комиссариате, возглавляемое А.Х. Артузовым, работником военного отдела ВЧК. Бюро получало подробную информацию от своих секретных сотрудников о положении дел в частях Московского гарнизона.

Кроме фронтовых, армейских и губернских чрезвычайных комиссий вопросами борьбы с контрреволюцией в армии продолжали заниматься органы военного контроля.

Основными подразделениями военного контроля были два отделения – активное и общее. Активное отделение вело агентурно-оперативную работу и осуществляло в необходимых случаях наружное наблюдение; общее отделение занималось вопросами организации работы в целом. Органы военного контроля в контакте с местными ЧК и органами военной разведки Красной армии занимались разыскной работой и т. п.

Таким образом, в Красной армии существовали и действовали независимо друг от друга две системы военных контрразведывательных органов – система военного контроля, предназначенная преимущественно для борьбы со шпионажем, и система чрезвычайных комиссий, которые вели борьбу с контрреволюцией вообще, и особенно с внутренней контрреволюцией.

Первые результаты оперативной работы свидетельствовали о том, что разведывательная работа иностранных государств пересекалась с контрреволюционной деятельностью. По этому поводу член коллегии ВЧК М.Я. Лацис в одной из своих докладных записок писал, что «с тех пор, как изменился характер войны, с тех пор, как она стала Гражданской войной, трудно и даже невозможно отличить шпионаж от контрреволюционных действий». В связи с этим руководство страны считало, что орган безопасности в армии кроме прочего должен целенаправленно проводить политическую линию коммунистической партии.

К концу 1918 г. стало очевидным, что существование двух контрразведывательных аппаратов – военного контроля и фронтовых и армейских ЧК не позволило организовать эффективную борьбу с контрреволюцией и шпионажем в вооруженных силах, они действовали разобщенно, не взаимодействуя и не координируя оперативные мероприятия. Требовалось создание единого аппарата военной контрразведки, который бы полностью отвечал за обеспечение политической и военной безопасности Красной армии.