Параллельно Уфимская директория создала Военное министерство на основе слияния военных ведомств Временного Сибирского правительства и «Народной армии» КОМУЧ. В его компетенции находились кредиты, финансы, полевое казначейство, военно-полевые суды, служба духовенства и дела казачьих войск, поэтому создание контрразведывательных органов в министерстве не предусматривалось.

В политическом отношении Директория унаследовала структуры власти Временного Сибирского правительства, фактически преобразованного (с 4 ноября 1918 г.) в Совет министров при Директории.

Таким образом, к концу осени 1918 г. белогвардейские режимы завершили формирование своих контрразведывательных структур.

Вернемся к красным. Параллельно с органами борьбы со шпионажем в Красной армии создавались и развивались органы по борьбе с контрреволюцией. Переход к обязательной воинской повинности (осуществлен по постановлению ВЦИК от 29 мая 1918 г.) и создание массовой регулярной Красной армии, сопровождавшееся мобилизаций крестьян, которые в большинстве не имели твердого убеждения в необходимости вооруженной защиты советской власти, а также бывших офицеров и унтер-офицеров, поставили перед ВЧК новые сложные задачи. Обстановку в войсках обострила активизация подрывной деятельности белогвардейских и иностранных разведок и, как следствие, – рост таких опасных преступлений в армии, как измена и шпионаж. Необходимо было усилить борьбу с этими преступлениями, более эффективно содействовать военному командованию в укреплении политической лояльности войск и повышении их боеспособности.

На заседаниях ВЧК еще весной 1918 г. высказывалось мнение о необходимости организации наблюдения за деятельностью военных специалистов в воинских частях и военных учреждениях. В апреле 1918 г. на президиуме ВЧК с докладом о германском шпионаже выступил И.Н. Полукаров. Он утверждал, что буржуазия предпринимала всевозможные усилия, чтобы, с одной стороны, помешать формированию Красной армии, с другой стороны – использовать Вооруженные силы Советского государства в своих целях. Некоторые офицеры из числа привлекавшихся советской властью к службе в Красной армии в качестве технического персонала вступали в нее с тем, чтобы дезорганизовывать воинские части, возбуждать у красноармейцев недовольство советской властью. Будучи в рядах Красной армии, они приобретали возможность формировать кадры белой гвардии, получали доступ к оружию и снаряжению, хранившемуся на складах. По этому докладу президиум ВЧК принял решение: «…взять в ведение комиссии аппарат контрразведки, оставив ее под руководством самостоятельного заведующего»[271].

Однако народный комиссар по военным делам Л.Д. Троцкий, стремившийся максимально сосредоточить все нити управления войсками и контроля над ними в своих руках, утверждал, что контрразведывательную работу в армии без старых специалистов вести невозможно, и выступил против передачи военной контрразведки Всероссийской чрезвычайной комиссии[272]. В свою очередь ВЧК оказалась не способна проявить настойчивость.

Вопрос о чекистской работе в армии серьезно дискутировался на I Всероссийской конференции чрезвычайных комиссий в июне 1918 г. Ему было отведено основное место в докладе члена коллегии ВЧК И.Н. Полукарова. Заведующий отделом по борьбе с контрреволюцией, выражая мнение коллегии ВЧК, потребовал от местных ЧК «как органов политической борьбы» принять решительные меры для пресечения попыток контрреволюции разрушить армию[273].

Руководители губернских ЧК, делясь опытом работы среди военнослужащих местных гарнизонов, доложили о проведенных чекистами мероприятиях по изъятию из частей Красной армии белогвардейцев и анархистов, о подавлении попыток некоторых бывших офицеров, занимавших командные должности, спровоцировать выступления против советской власти.