В конце 1919 г. перед ВЧК возник вопрос об организации борьбы с контрреволюцией в освобождавшихся от белогвардейцев и интервентов районах Сибири, Дона, Северного Кавказа. Удаленность этих районов от Центра крайне затрудняла управление воссоздававшимися губернскими и тем более уездными ЧК из Москвы. Требовалось создать промежуточное звено управления, которое решало бы задачи организации чрезвычайных комиссий на окраинах Республики и непосредственного руководства их деятельностью.

В Сибири эти задачи ВЧК возложила на Сибирскую чрезвычайную комиссию, образованную в сентябре 1919 г. на правах отдела Сибирского революционного комитета. Однако вскоре по настоятельному требованию Ф.Э. Дзержинского (по-видимому, опасавшегося излишнего влияния ревкома на работу органов безопасности) СибЧК была выведена из непосредственного подчинения Сибревкома и подчинена ВЧК. 1 января 1920 г. Сибирская чрезвычайная комиссия была преобразована в Омскую губернскую чрезвычайную комиссию с правами областного чекистского органа.

Усилиями Сибирской и Омской чрезвычайных комиссий при активном содействии местных партийных органов в течение декабря 1919 г. – февраля 1920 г. были созданы все губернские и большинство уездных чрезвычайных комиссий. В Ростове была образована Донская ЧК, в Краснодаре – Кубано-Черноморская ЧК, руководившие чрезвычайными комиссиями Дона и Кубани.

Образование Сибирской (Омской), Донской и Кубано-Черноморской ЧК не означало возрождения прежних областных чрезвычайных комиссий. Так, восстановлением чрезвычайных комиссий в губерниях Сибири исчерпалась роль Омской губчека как областного чекистского органа. С 15 апреля 1920 г. она начала функционировать как обычная губернская чрезвычайная комиссия. Функции головного чекистского органа с этого времени перешли к полномочному представительству ВЧК по Сибири, учрежденному в начале апреля 1920 г. Руководителем его по предложению Ф.Э. Дзержинского был назначен бывший заместитель начальника особого отдела ВЧК И.П. Павлуновский. Представительство направляло и координировало деятельность всех чекистских органов и войск внутренней охраны, находившихся на территории Сибири.

В это же время возникают полпредства ВЧК в Туркестане, на Северном Кавказе и в ряде других районов Республики. Полномочные представители назначали и перемещали сотрудников, организовывали чрезвычайные комиссии, инструктировали и ревизовали их и т. п.

Особенно большие изменения претерпело низшее звено чекистского аппарата. Осенью 1918 г. в связи с упрочением советской власти встал вопрос о ликвидации уездных, районных, волостных ЧК и института чрезвычайных комиссаров. Необходимость ликвидации уездных и районных ЧК обусловливалась еще и тем, что не хватало опытных партийных кадров для руководства ими. Партийные и советские органы не имели возможности обеспечить тщательный отбор кандидатов для работы в чрезвычайных комиссиях. Уездные комитеты партии, которые сами только создавались, не могли надлежащим образом контролировать деятельность ЧК. Вследствие этого в уездных и районных чрезвычайных комиссиях, тем более в волостных, оказалось немало сотрудников с низким общеобразовательным уровнем, отсутствием элементарного политического кругозора. Нередко туда проникали карьеристы, даже преступные элементы, которые нарушали «революционную законность», злоупотребляя должностными полномочиями. В ряде случаев это приводило к волнениям. По мнению профессора А.С. Велидова, деятельность некоторых уездных чрезвычайных комиссий начинала затруднять привлечение крестьянства к сотрудничеству с советской властью