Кроме этого, стремление ВЧК создавать на местах строго централизованную структуру органов безопасности встретило противодействие многих местных Советов и отделов управления исполкомов (при этом тон задавался руководством Народного комиссариата внутренних дел и Народного комиссариата юстиции), которые предпринимали попытки подчинить органы ЧК своему влиянию. В свою очередь и провинциальные чрезвычайные комиссии не всегда считались с мнением органов советской власти в своей работе[234].

По этому поводу заместитель председателя ВЧК Я. Петерс разъяснял губернским ЧК, что НКВД и НКЮ контролируют органы безопасности, но не могут вмешиваться в их работу. «В своей деятельности ВЧК совершенно самостоятельна, производя обыски, аресты, расстрелы, давая после отчет Совнаркому и ВЦИК»[235]. Иногородний отдел требовал от местных органов безопасности наладить деловой контакт со всеми госучреждениями, а также разъяснял, что в ходе работы ЧК должны опираться на местные комитеты коммунистической партии и требовать от последних создания контрольных коллегий в составе начальника ЧК и двух представителей парткома[236].

17 сентября 1918 г. Ф.Э. Дзержинский подписал Инструкцию ВЧК о работе местных чрезвычайных комиссий. В ней уточнялась компетенция чекистских органов. По многим делам (должностные преступления, спекуляция и др.) органы ВЧК уже не ограничивались розыском и пресечением преступлений, а вели дознание и предварительное следствие, иногда даже заканчивали дела самостоятельно, внесудебным порядком[237].

28 октября 1918 г. ВЦИК принял Положение о ВЧК и местных ЧК, в котором уточнялись и развивались правовые нормы прежних нормативных актов о чекистских органах. В Положении закреплялось название комиссии – Всероссийская чрезвычайная комиссия по борьбе с контрреволюцией, спекуляцией и преступлениями по должности (в отличие от ее первого названия). Подтверждалось, что ВЧК руководит деятельностью местных ЧК и вместе с ними должна планомерно вести борьбу с контрреволюцией, спекуляцией и преступлениями по должности на всей территории РСФСР. ВЧК была органом Совнаркома и работала в тесном контакте с НКВД и НКЮ. Члены ВЧК назначались Совнаркомом. Председатель ВЧК входил в коллегию НКВД. В свою очередь НКВД, а также Наркомюст делегировали представителей в ВЧК.

ВЦИК признал правильной позицию ВЧК по вопросам о правах ЧК на местах. Последние организовывались местными совдепами или их исполкомами на одинаковых правах с остальными отделами. Члены местных ЧК назначались и отзывались местными исполкомами, председатели – избирались исполкомами и утверждались ВЧК. Постановления местных ЧК могли приостанавливать или отменять только ЧК вышестоящей инстанции[238].

К концу осени 1918 г. Всероссийской чрезвычайной комиссии и Советам с помощью большевистских партийных организаций удалось в целом создать местный чекистский аппарат. Он включал в себя областные, губернские, уездные, районные, волостные ЧК, районных и волостных чрезвычайных комиссаров. В основном была налажена регулярная связь местных органов с ВЧК. На местах начали получать приказы, распоряжения и инструкции, что позволило приступить к упорядочиванию и систематизации оперативной работы. Так как в условиях нехватки рекомендаций и инструкций на местах действовали методом проб и ошибок, за которыми стояли человеческие жизни[239].

В начале 1919 г., в условиях некоторой стабилизации положения на фронтах Гражданской войны, аппарат чрезвычайных комиссий был сокращен, а также проведена организационная и структурная перестройка органов госбезопасности