Во время закладки краеугольного камня собрались тысячи людей, был устроен праздник с пением псалмов. Узнав о начале работ, к Зоровавелю прибыли северные соседи Иудеи, самаряне, и предложили свою помощь в строительстве храма: «…и пришли они к Зоровавелю и к главам поколений, и сказали им: будем и мы строить с вами, потому что мы, как и вы, прибегаем к Богу вашему» (1 Езд. 4: 2). Этот народ произошел от смешанных браков израильтян, оставшихся в Самарии и Галилее, с языческими колонистами из Ассирии.

Без сомнения, помощь была необходима. Объем работ был огромен. Но самаряне получили резкий отказ: «…не строить вам вместе с нами дом нашему Богу; мы одни будем строить дом нашему Господу, Богу Израилеву, как повелел нам царь Кир, царь Персидский» (1 Езд. 4: 4).

Безусловно, это был только предлог для отказа. Понятно и другое: если на стройке будут присутствовать посторонние, труднее будет сохранить тайну поиска Ковчега. Потому, собравшись на совете, Зоровавель и Иисус приходят к выводу, на котором настаивал Шешбацар: отказать самарянам. Своему народу они объяснили, что самаряне не прошли процесс очищения от языческих элементов, и потому контакты с ними опасны. Без всякого сомнения, это был только повод, чтобы отказаться от помощи самарян, так как еще пророк Исайя Второй говорил, что в ветхозаветную церковь может войти любой человек, «прислонившийся к Господу». Отвергнутые в такой резкой форме, самаряне были сильно оскорблены, и эта обида в скором времени вылилась во вражду, а работы по восстановлению храма они взяли под наблюдение.

После закладки краеугольного камня строительство храма принимало все более и более странный характер. На первый взгляд работа кипела, с места на место передвигались строительные материалы, закладывались шурфы, перемещались массивные плиты, но результата не было. Прошло более пяти лет, но, по сути, ничего не было сделано. На строительство прибывали всевозможные комиссии, требовавшие объяснений относительно отсутствия конкретной работы, а также финансовых отчетов и точного следования проекту храма, выполненного самим царем Киром (по повелению Кира этот храм должен был иметь 60 локтей в вышину и 60 локтей в ширину (1 Езд. 6: 3), следовательно, по величине он был значительно больше Соломонова храма). Зоровавель и его группа, конечно, пытались объяснить причину, приводили объективные и субъективные факторы, якобы мешающие строительству. Но главный их ангел-хранитель Аггей находился при царском дворе, и он успешно сглаживал все негативные донесения, поступавшие Киру. И деньги из государственной казны бесперебойно прибывали в Иерусалим.

Шешбацар же в это время с еще большими предосторожностями продолжал поиски. Зоровавель, понимая, что строительство задерживается на неопределенный срок, дал распоряжение начать восстановление города. На строительной площадке храма решено было оставить незначительное количество рабочих. Для персидских чиновников нашли более или менее правдоподобное объяснение.

Ситуация в корне меняется после смерти Кира. В 530 г. до н. э., во время похода против скифских племен массагетов, царь Кир неожиданно погибает в бою. Его поход в закаспийские степи закончился неудачей. Потеря венценосного покровителя самым отрицательным образом сказалась на положении иудеев. Сын Кира Камбиз II, придя к власти, поначалу продолжал политику своего отца, попав под влияние хитрого царедворца Аггея. Но в 525 г. до н. э. Камбиз возглавил поход в Египет, готовившийся еще его отцом. Часть персидского войска двигалась по берегу Средиземного моря, часть плыла на кораблях вдоль берега.