Военные действия Северной войны начались в феврале 1700 г. неудачной попыткой саксонских войск, сражавшихся под польским флагом, захватить Ригу. В то же время датчане атаковали владения Швеции в Северной Германии, но потерпели поражение и были вынуждены заключить мир. Русский царь Петр I осенью 1700 г. привел свои войска под Нарву, для защиты которой во главе своего войска прибыл туда и Карл XII. В ноябре 1700 г. в битве у Нарвы шведские войска разбили численно превосходившую их армию русских. После этого Карл XII передислоцировал свои основные силы на юг против польско-саксонских войск. Этим воспользовался российский царь. В 1703 г. по распоряжению Петра I в устье реки Невы началось сооружение будущей столицы Петербурга. А на территорию Эстонии, которая по союзному договору должна была отойти Польше, русские войска совершали опустошительные походы. В 1704 г. российские войска захватили города Нарву и Тарту.

Швеции еще некоторое время сопутствовала удача, она добилась капитуляции Августа II Сильного (курфюрста Саксонии и короля Польши) и его отказа от польского престола. Оставшаяся без союзников Россия предложила Швеции мир, Швеция мир не приняла. В 1709 г. российская армия нанесла сокрушительное поражение войскам Карла XII в Украине в битве под Полтавой, которое решило исход войны в пользу России, и позволило вернуться на польский престол Августу II Сильному. За это Август II Сильный вынужден был отказаться от всех притязаний на Лифляндию. В том же 1709 г. русские войска окружили важнейший центр Лифляндии город Ригу, после падения которой в 1710 г. один за другим стали сдаваться все бывшие до того под властью Швеции города Эстляндии и Лифляндии. Военные действия на территории Эстонии прекратились с капитуляцией Таллинна в сентябре 1710 г. Присоединение Эстляндии и Лифляндии к России окончательно утвердил Ништадтский мирный договор, подписанный в 1721 г.

По Ништадтскому договору к России была присоединена бывшая Шведская Ливония, на территории которой образована Рижская губерния, которая включала в себя две провинции: Лифляндскую (с городами Рига, Пернов, Венден и островом Эзель) и Смоленскую. После подписания в августе 1721 г. Ништадтского мирного договора, которым закончилась Северная война 1700-1721 гг., в истории Эстонии наступил довольно длительный период мира. В 1796 году Лифляндская провинция стала называться Лифляндской губернией. На севере она граничила с Эстляндской губернией, на юге – с Курляндской.

Хотя период с 1721 года в истории Эстонии называют «русским временем», Пётр I и его преемники сохранили особые права местных прибалтийских немцев. Прибалтийские или остзейские немцы (Ostsee – Балтийское море, Остзейский край – прибалтийский край), занимали важные места в политической жизни России. Образно говоря: с XIII века до начала XVIII века эстонцами правили датчане, немцы и шведы, с конца Северной войны до 1918 года, эстонцами правили прибалтийские немцы и русские.

Эстонцы же Эстонией в этот многовековой период не правили. В Эстонии общество носило строго сословный характер. Более 95 % населения Эстонии составляли крепостные крестьяне, за исключением небольшого количества шведских свободных крестьян, проживавших, начиная с XIII века на побережье и на островах Эстонии. Разрыв между сословиями углубляло то обстоятельство, что сословная принадлежность почти совпадала с национальной, и основной категорией определения социальной принадлежности человека служили понятия: "немец" и "не немец". Подъём по социальной лестнице был доступен лишь немногим. Для эстонцев он означал автоматическое онемечивание.