В память священного коронования Их Императорских Величеств 26 мая 1896 года Борису Энгельгардту как пажу – участнику коронационных торжеств была Высочайше пожалована серебряная медаль на Андреевской ленте. Позже он напишет подробные воспоминания о коронации, которые неоднократно переиздавались[9]. 17 июня того же года ему был пожалован Итальянский офицерский крест ордена Итальянской короны, а императрица Мария Федоровна подарила своему пажу, несшему на коронации шлейф ее платья, золотой портсигар, о чем было объявлено в приказе по Пажескому корпусу. 6 декабря 1900 года Борис Александрович был произведен в поручики. В 1902 году он блестяще оканчивает 2 класса по первому разряду Николаевской академии Генерального штаба. В мае 1903 года успешно заканчивает дополнительный одногодичный курс академии[10], и тогда же его производят в штабс-ротмистры.

Когда началась Русско-японская война 2 марта 1904 года, он добровольно перевелся на службу в чине есаула во 2-й Нерчинский полк Забайкальского казачьего войска и уже 31 марта 1904 года прибыл в полк и приступил к выполнению своих обязанностей в качестве командующего 1-й сотней. Вскоре он был ранен. В cвидетельстве о ранении, выданном в 1-м Георгиевском госпитале Красного Креста им. императрицы Марии от 29 июля 1904 года написано: «14 июня 1904 года в долине р. Цао-Хэ ранен ружейной пулей навылет в нижнюю треть левой голени с переломом больше- и малоберцовой костей с двумя линейными отломками (из). Эвакуирован в Европейскую Россию в отпуск для лечения раны».

В свидетельстве комиссии при Санкт-Петербургском окружном военно-медицинском управлении от 29 апреля 1908 года сказано: «…От ранения свидетельствуемый лечился сначала в Ляоянском и Санкт-Петербургском Николаевском военных госпиталях, а впоследствии был отправлен в 4-месячный отпуск по ранению.

При объективном исследовании у капитана Энгельгардта найдено укорочение левой ноги за счет длины голени на 2½ сантиметра, что обнаруживается хромотой при ходьбе без обуви, для устранения хромоты внутренность левого сапога снабжена подстилкой… На наружной поверхности левой голени, на 5 см выше лодыжки, виден конец костного осколка, выпячивающий кожу, с внутренней стороны голени на 6½ см выше лодыжки – такое же выпячивание кожи костным осколком.

В настоящее время капитан Энгельгардт жалуется на боль по наружной поверхности левой ноги, подворачивание левой стопы внутрь во время ходьбы, отекание ее и нижней трети левой голени, ежедневно увеличивающееся к вечеру, и боли в пальцах левой стопы при нажимании обувью на вышеозначенные осколки при ходьбе и переменах погоды.

На основании вышеизложенного мы заключаем, что капитан Энгельгардт страдает нарушением нормальной деятельности левой нижней конечности вследствие укорочения и болезненности ее, происходящими от неправильного сращения костей голени после перенесенного им огнестрельного повреждения последней.

Болезнь эта неизлечима, препятствует капитану Энгельгардту продолжать службу… По роду своей болезни и по несомненной неизлечимости ее капитан Энгельгардт периодическим освидетельствованиям не подлежит»[11].

20 июля 1905 года по излечении раны Энгельгардт прибыл обратно на театр военных действий в полевой штаб 1-й Маньчжурской армии, а через месяц был переведен в Генеральный штаб с назначением помощником старшего адъютанта Управления генерал-квартирмейстера 1-й Маньчжурской армии с переименованием в капитаны.

За отличие в делах с японцами Борис Александрович был награжден двумя орденами – Святой Анны 4-й степени с надписью «За храбрость» и Святого Владимира 4-й степени с мечами и бантом