Незаконно перейдя границу, разделяющую Советы и Украину, Борис Александрович с семьей очутился на свободе. Он отвез жену и падчерицу в имение родственников Хащевато Подольской губернии и вернулся в Киев с тем, чтобы принять участие в Белом движении.

С осени 1918 года Б. Энгельгардт был заведующим политической частью представительства Добровольческой армии в Киеве, потом поехал в Одессу, где принял должность начальника политической части. В его обязанности входило поддержание связи с союзниками (он знал несколько языков) и общественными организациями, среди которых он вел устную пропаганду идей Добрармии, посещал их собрания, проводил с ними частые беседы. После неудачи под Херсоном, воспользовавшись предложением доставить доклад Деникину о положении в Одессе, Энгельгардт выехал в Екатеринодар.

Добровольческое командование избегало конкретизировать цели борьбы, так как весь контрреволюционный лагерь состоял из людей с совершенно разными устремлениями и желаниями. По мнению автора, предпосылкой разгрома Белого движения была раздробленность в идеях, целях и действиях в стане белых, в убеждениях вождей Добровольческой армии. Идеи Добрармии сводились к формуле: «Борьба с большевиками за Великую Неделимую Россию». Отдел пропаганды распространял газеты и листовки, отпечатанные в Екатеринодаре и присланные оттуда курьерами; кроме этого, велась устная пропаганда. Автор из общения с крестьянами вынес убеждение, что их отношение к революции зависит от того или иного разрешения аграрного вопроса. «Успех или провал контрреволюционного движения целиком зависит от радикального разрешения вопроса о земле». Энгельгардт размышлял о том, что «нужна немедленная фактическая передача всех помещичьих земель крестьянам, с соблюдением формальностей, к которым привыкли крестьяне, чтобы им и в голову не могло бы войти подозрение, что помещики хотят их обмануть». Только при таких условиях можно удержать власть в своих руках и, может быть, в дальнейшем добиться парламентским путем возмещения за утраченную землю.

Б. Энгельгардт был назначен А. И. Деникиным помощником начальника Отдела пропаганды Добрармии и работал в Ростове-на-Дону, где было гораздо больше возможностей развить печать и работу за линией фронта. Формальным начальником этого отдела был профессор Петроградского университета К. Н. Соколов, который в то же время был начальником Отдела законов и работал сначала в Екатеринодаре, а потом надолго уехал в командировку за границу.

В июне 1919 года Энгельгардт отказался стать представителем Добрармии при союзных правительствах и вступил в управление Отделом пропаганды Особого совещания (ОСВАГа) при главнокомандующем ВСЮР. Энгельгардт осуществлял общее руководство делами, ведал непосредственно назначениями, администрированием узлов, устной пропагандой во всех ее видах, организацией агитпоездов. В общей сложности Борис Александрович 12 месяцев руководил пропагандой белых.

В марте 1920 года он ушел в отставку и на итальянском теплоходе был доставлен из Новороссийска в Турцию. Более года работал в Константинополе в «Информационном бюро» Отдела пропаганды белых.

Уже в эмиграции, 12 апреля 1921 года, в Париже, Б. Энгельгардт был допрошен Н. А. Соколовым как свидетель при расследовании обстоятельств убийства Николая II и его семьи[16]. В эмиграции во Франции провел 5 лет, работал шофером парижского такси. В 1926 году вместе с женой покинул Париж и переехал в Латвию, где работал помощником технического руководителя на рижском ипподроме.

В 1940 году Энгельгардт был арестован в Риге и доставлен в Москву, где в течение года пребывал в разных тюрьмах, пока велось следствие, которое установило, что после Гражданской войны он не пытался вредить Советскому Союзу. Однако, несмотря на это обстоятельство, он был отправлен в административную ссылку в Хорезмскую область.