Особенностью 1938–1940 гг. в жизнедеятельности Красной Армии является ее участие в боевых действиях в нескольких локальных вооруженных конфликтах с Японией (Хасанские события лета 1938 г. и советско-японский конфликт у реки Халхин-Гол с 11 мая по 15 сентября 1939 г.) и Финляндией в период с 30 ноября 1939 г. по 12 марта 1940 г. (советско-финляндская война). С учетом боевых действий РККА в указанных вооруженных конфликтах в 1940–1941 гг. были внесены существенные изменения практически во все сферы жизнедеятельности вооруженных сил. Изменялась организационная структура войск, были переработаны боевые уставы, наставления, были внесены изменения в программы обучения в военно-учебных заведениях и боевую и политическую подготовку.

Верховным Советом СССР 1 сентября 1939 г. был принят Закон о всеобщей воинской обязанности, который завершал перевод вооруженных сил на кадровое положение. Этим законом устанавливались новые сроки прохождения военной службы, нахождения в запасе, порядок призыва, начальной и допризывной подготовки. Сроки действительной военной службы рядового и сержантского состава в Сухопутных войсках и авиации были увеличены до трех лет, на флоте – до пяти лет. В армию призывались лица, которым исполнилось 19 лет, окончившие среднюю школу – в 18 лет.

К середине 1941 г. общая численность армии и флота превышала 5 млн чел. и была в 2,8 раза больше, чем в 1939 г.

С учетом качественных изменений, произошедших в вооруженных силах, летом 1940 г. было принято решение о введении полного единоначалия в армии и на флоте. Указом Президиума Верховного Совета СССР «Об укреплении единоначалия в Красной Армии и Военно-морском флоте» от 12 августа 1940 г. институт военных комиссаров был в очередной раз отменен. Должность комиссара снова была заменена должностью помощника командира по политической работе.

Великая Отечественная война внесла существенные коррективы в организацию жизнедеятельности политсостава армии и флота, системы подготовки кадров политработников. В рамках перестройки всей жизни страны и вооруженных сил на военный лад Президиум Верховного Совета СССР 16 июля 1941 г. издал указ «О реорганизации органов политической пропаганды и введении института военных комиссаров в Рабоче-крестьянской Красной Армии». В указе отмечалось, что война расширила объем политической работы и потребовала, чтобы политработники не ограничивали свою работу пропагандой, а взяли на себя ответственность также и за военную работу на фронтах. Этим указом в полках, дивизиях, штабах, военно-учебных заведениях и учреждениях Красной Армии был введен институт военных комиссаров, а в ротах, батареях, эскадронах – институт политических руководителей. 20 июля 1941 г. данное решение было распространено на Военно-морской флот.

В августе 1941 г. должность военного комиссара была введена во всех батальонах и ротах танковых войск, в дивизионах и батареях артиллерийских частей, в сентябре – должность военкома штаба во всех дивизиях, а в начале декабря – должность военкома батальона стрелковых частей и соединений.

Главные управления политической пропаганды Красной Армии, а также Военно-морского флота были преобразованы в Главное политическое управление Рабоче-крестьянской Красной Армии (ГлавПУ РККА) и Главное политическое управление Рабоче-крестьянского Военно-морского флота (ГлавПУ РКВМФ). Управления и отделы политической пропаганды в войсках и на флотах были реорганизованы в политические управления и отделы.

Эти меры вызывались условиями фронтовой обстановки, возросшей ролью политработы, нехваткой опытных кадровых командиров. Только небольшая часть командиров, призванных из запаса, имела военное образование. В начальный период войны намного расширялся объем партийно-политической работы. Политработники не могли ограничиваться только пропагандой и агитацией, они должны были осуществлять и другие важные функции.