С помощью внушительного арсенала оружия, собранного по пути, Снейк убивает всех элитных спецназовцев, которые пытаются его остановить. Но когда он добирается до камеры доктора Петровича, выясняется, что уже слишком поздно. Петровича перевели в другой корпус – в десяти километрах к северу отсюда!

Чтобы попасть во второй корпус, Снейку приходится с миноискателем пройти напичканный минами участок пустыни, собственными минами подорвать танк и преодолеть блокпост, прикинувшись вражеским офицером. Внутри корпуса его ожидает множество врагов и лабиринт полных отравы коридоров, но в итоге он вроде как добирается до доктора Петровича – тот лежит в подвале связанный. Вот только на самом деле это лишь актер, прикидывающийся создателем «Метал гира»! Когда Снейк пытается его развязать, в полу открывается люк, куда Снейк чуть не падает. И вновь ему нужно собирать подсказки и гнаться за бесценным ученым – на сей раз с помощью члена сопротивления по имени Дженнифер.

Однако все не так просто. Дженнифер готова помочь – но только если Снейк заслужит ее уважение, освободив достаточно пленных. В игре это целая механика: освобождая пленных, игрок получает звезды, и чем больше у Снейка звезд, тем у него больше здоровья, боеприпасов и пайков, пополняющих здоровье. А у неуловимого доктора Петровича есть свои требования: он готов поделиться секретами, только если Снейк отыщет и спасет его дочь Элен, которую тоже держат в плену где-то на базе. В общем, снова трудиться.

Но вот Элен спасена, и Петрович раскрывает удивительный секрет, который позволит уничтожить «Метал гир»: оказывается, для этого нужно взорвать у ног гигантского робота заряды пластиковой взрывчатки в определенном порядке. Нет, логики в этом мало, просто на большее MSX2 была тогда не способна. Петрович называет Снейку правильный порядок действий (по крайней мере, основную его часть – у какой ноги взорвать заряд С4, ему все равно придется гадать) и указывает дорогу к корпусу базы, где и стоит «Метал гир».

Чтобы добраться до этого корпуса, Снейку снова нужно пересечь пустыню – на сей раз полную ядовитых скорпионов. Кроме того, через нее не пробраться без компаса – его надо было найти заранее. Когда Снейк наконец добирается до третьего корпуса, его ждет неприятный сюрприз: напротив входа припаркованы целые ряды грузовиков с бесчисленным множеством солдат. Но стоит тем кинуться на одетого в зеленое противника, положившего столько их товарищей, как на связь внезапно выходит Биг Босс – и велит Снейку проникнуть в самый правый грузовик.

Если сесть в грузовик, случится неожиданное: Снейка отвезут обратно к первому корпусу, откуда и началась операция! Если не послушаться Биг Босса, вернуться к третьему корпусу и все же пролезть внутрь, вслед за Снейком ринется спецотряд. Когда тот побежден, командир снова вызывает Снейка и направляет его в помещение слева. Что внутри? Смертельная ловушка – проваливающийся пол! Здесь что-то сильно не так.

Но бросить операцию Снейк не может. Он находит способ проплыть по водопроводу базы, миновав череду помещений с ловушками, и в итоге с ним выходит на связь Кайл Шнайдер – глава сопротивления. Шнайдер выяснил, кто же построил Аутер-Хэвен, и уже почти готов Снейку это рассказать, как на него нападают и связь обрывается.

Следующая преграда – сумасшедший, который зовет себя Кауард Дак (Coward Duck – «Трусливая утка»)