16 января 1940 года Берия внес Ежова в список по 1-й категории, то есть в расстрельный список. 3 февраля ВКВС СССР Ежов был приговорен к высшей мере наказания и в ближайшие дни был расстрелян вместе со своими бывшими соратниками. Приговор был приведен в исполнение в Сухановской особой тюрьме. Когда его вели на расстрел, по утверждению свидетеля Судоплатова, Ежов пел «Интернационал». Его прах захоронен в могиле №1 крематория Донского кладбища – там же, где захоронен прах тех, кого расстреливали по его указанию или с его согласия.

Преемником Ежова стал Лаврентий Берия, до этого работавший первым секретарем ЦК Компартии Грузии, а позже – заместителем Ежова. Начиная с декабря 1938 года Берия начал широкомасштабную компанию по истреблению соратников Ежова по НКВД, судам и прокуратуре. Но наш непотопляемый Воскресенский остался на своем месте. Многие невинно осужденные, до которых дошли слухи о чистках в органах правосудия, воспрянули духом в надежде на нового Наркома.

29 сентября 1938 года вновь создано ГУГБ, которое возглавил Меркулов В. Н. Он подчинялся Берии, который возглавлял всю структуру НКВД. Лаврентий Павлович параллельно с должностью Наркома внутренних дел в 1941 году получил звание генерального комиссара государственной безопасности, а в 1945 году – Маршала Советского союза. С 1941 года Берия был заместителем Председателя Совнаркома (тов. Сталина), а после смерти Иосифа Виссарионовича – заместителем Председателя Совета Министров Маленкова. Берия входил в ЦК ВКП (б), с 1946 года был членом Политбюро ЦК ВКП (б), в 1952—1953 году – членом Президиума ЦК.

Берия сосредоточил в своих руках огромную власть, которую использовал как на разрушение, так и на созидание.

Он провел «чистки» партийных и государственных деятелей Грузии, Армении и Азербайджана, обвиняя их в заговоре, который был направлен на выход Закавказских республик из состава СССР с дальнейшим переходом под протекторат Великобритании. Берия тоже не гнушался лично и с пристрастием допрашивать «заговорщиков». Он был известен тем, что еще в 1936 году, в своем кабинете во время допроса, застрелил первого секретаря ЦК компартии Армении А. Г. Ханджяна. Не прекратил он репрессий и на новом посту, но, тем не менее, их темп был значительно снижен.

По мнению некоторых историков, с приходом Л. П. Берии на пост главы НКВД масштабы репрессий резко сократились, Большой террор завершился. Разные источники называют цифру освобожденных в 1939—1940 годах от 100—150 тысяч человек до 280 тысяч. Начало снижаться число приговоренных к высшей мере. При его руководстве начался учет «антисоветских элементов», он курировал операцию по убийству Троцкого, по его инициативе были расстреляны без суда пленные польские офицеры.

Берия сосредоточил в своих руках огромную власть, которая усиливалась благодаря его близости к Сталину. На фото, которое относится к 1931 году, он держит на коленях дочь Сталина.

Он был человеком жестоким и безжалостным, но это не помешало (а скорее помогало) ему курировать ряд областей военной промышленности, включая разработки ракетной техники и атомного оружия. С 20 августа 1945 года он возглавил реализацию атомной программы СССР. Под его руководством была создана обширная агентурная разведывательная сеть в странах Европы, в США и Японии.

В годы войны Л. П. Берия был членом ГКО (Государственного комитета обороны), контролировал производство самолётов, моторов, вооружения и миномётов, а также выполнение решений ГКО по работе ВВС Красной Армии, касающиеся формирования авиаполков, своевременной их переброски на фронт и т. п. Одновременно он контролировал работу Наркоматов угольной промышленности и путей сообщения. С мая 1944 года Берия был назначен заместителем Председателя ГКО и возглавил Оперативное бюро, которое контролировало все Наркоматы оборонной промышленности, металлургии, электростанций и многих других отраслей промышленности. За работу в годы войны Берия был награжден орденами Ленина и Красного Знамени.