Своим завистникам и недоброжелателям Петр Бадмаев отвечал: «Чем объяснить, что в Петербурге, в центре цивилизации России, где ученые европейские врачи так высоко держат знамя своей науки, тибетская медицина привлекла к себе взоры страждущих и стала центром всеобщего внимания? Почему трудящийся рабочий люд, имея даровое лечение, наполняет приемную врачебной науки Тибета, ежедневно сотнями ожидая очереди по два, по три часа? Почему богатые также ожидают своей очереди, тогда как сидя дома, могли бы пригласить к себе любую знаменитость, – почему?» Все дни были расписаны на неделю вперед, поэтому приходилось работать каждый день. Петр Бадмаев тратил иногда на одного больного много времени, но, как правило, мгновенно ставил диагноз. Он считался крупнейшим диагностом. В клинике Петра Бадмаева люди могли получить помощь и в тех случаях, когда врачи европейской медицины отказывались от лечения в силу специфики или запущенности заболевания.

Перу Петра Бадмаева принадлежит ряд трудов по тибетской медицине, которые были изданы в 1898–1903 годах. Он исследовал и впервые перевел на русский язык два первых тома классического тибетского медицинского трактата «Чжуд-ши», где смог изложить основы врачебной науки Тибета в форме, доступной для западного читателя. Научная и практическая медицинская деятельность П. А. Бадмаева началась при императоре Александре III, получила всеобщую известность при Николае II и закончилась при советской власти после арестов и тюрем. А в конце 30-х годов XX века в результате массовых репрессий и гонений на религиозные конфессии, в том числе на буддизм, тибетская медицина в России фактически прекратила свое существование как институциональное учреждение. Однако ее сохранившаяся популярность среди буддийского населения России, устойчивый интерес ученых и врачей к ее богатому наследию способствовали возрождению этой традиции врачевания и привели к формированию целого направления в науке на стыке медицины и востоковедения.