С течением времени война приближалась к Дерпту. 12 июля 1812 г., ровно через месяц после перехода французов через Неман, были сожжены предместья Риги, в результате чего тысячи людей остались без крова и средств к существованию. Беженцы оттуда достигли Дерпта, а вместе с ними пришли и слухи, что возвышенная позиция, на которой находились университетские сооружения, и каменный мост через реку могут стать новым рубежом обороны русской армии. Профессора всерьез вели между собой разговоры о возможном отъезде в глубь России. В этих условиях Паррот выказал необходимое мужество – в своей речи на университетском празднике 13 августа он говорил об обязанностях гражданина на войне, призвал профессоров, студентов и всех присутствующих горожан оказать помощь жителям сгоревшей Риги и тут же объявил для этого сбор денег по подписке[158].

Совместные проявления патриотизма, увы, не смогли погасить внутренние конфликты в профессорской среде. Хотя Кайсаров еще в июне уехал в армию, но его друг и единомышленник по университету, приглашенный в Дерпт в 1811 г. на кафедру анатомии, профессор Карл Фридрих Бурдах развернул активное противостояние с ректором. Талантливый 35-летний ученый, приверженец новейших идей натурфилософии Ф. Шеллинга, прибывший из Лейпцигского университета, Бурдах считал, что еще во время своего переезда столкнулся с несправедливостью, когда университетский Совет по настоянию «сторонников Паррота» пытался сэкономить, недоплатив ему путевые издержки в дукатах (что, скорее всего, объяснялось плачевным состоянием казны университета из-за падения курса рубля). Не оценил Бурдах и инициированный Парротом общий сбор пожертвований: по его мнению, «достойная цель предполагает и достойные средства», он же не хотел, чтобы его благотворительность «пришпоривали, чтобы сойти за патриота».

Но действительно острым конфликт Бурдаха с ректором стал в конце 1812 г., когда последний выступил на необычном для него медицинском поприще. Паррот сначала пытался опробовать на одном из товарищей, а затем опубликовал 22 октября в городской газете Риги метод лечения нервных болезней уксусом (исходя из предположения, что любое расстройство нервов вызывается переизбытком в организме желчи). Во второй половине ноября Паррот отправился в Рижский военный госпиталь, где начал лечить больных уксусом и, судя по обнародованному им отчету, за неделю поставил на ноги шестерых из тринадцати, а еще у троих добился значительного улучшения (впрочем, по словам Бурдаха, некоторые из них позже скончались). За такие успехи попечитель Клингер и рижский генерал-губернатор Ф. О. Паулуччи сделали представление министру о награждении Паррота от имени императора.

Бурдах же еще во время попытки опробовать этот метод в Дерпте возражал Парроту, а затем вступил с ним в письменную полемику, которая постепенно разрасталась. В январе 1813 г. он опубликовал сочинение «Разрешение загадки уксуса», где обличал уже не только несостоятельность теории, но и самого автора, не сведущего в медицине и вводящего в заблуждение своих студентов. Паррот ответил на это листком «Решение Бурдаховой загадки», где заявил, что Бурдах превращает научный спор в упражнение в остроумии, но что сам Паррот не собирается дальше с ним равняться в шутовстве. Дополнительное напряжение этому спору придавало то обстоятельство, что другие профессора медицинского факультета безмолвствовали и только Бурдах осмелился бросить вызов «любимцу императора». Аналогичным образом Бурдах вел себя и в Совете университета, где он в конце 1812 г. в одиночку, при молчании своего факультета помешал Парроту организовать производство находившегося под покровительством ректора приват-доцента И. Л. Йохмана в ординарные профессора хирургии – Бурдах указал на его недостатки в преподавании и на отсутствие необходимой диссертации