– Тогда страх вошел в мою душу и трепет в кости, – говорил Иван, – и смирился дух мой, и я умилился и познал мои прегрешения, и прибег ко Святой Церкви, и испросил у вас, святители, благословения и прощения моих злых дел, а по вашему благословению преподал прощение и моим боярам в их грехах против меня и начал, по вашему благому совету, устроять и управлять врученное мне Богом царство.

По отношению к церковному управлению царь предложил исправить порядок, схожий с управлением наместников и волостелей в земщине. В епархиях был учрежден суд из выборных священников, на который допускались и земские старосты, и целовальники; избираемые из священников старосты следили за церковным благочинием и за исполнением духовенством своих обязанностей, они же собирали и доставляли к владыке все установленные сборы и пошлины.

Собор осудил и запретил языческие суеверия, принял меры к обузданию тщеславия и пустосвятства, воспретив мирянам ставить без нужды новые церкви, а бродягам-тунеядцам – келии в лесах и пустынях, – и меры к исправлению нравов, отменив, например, обычай совместного мытья в бане мужчин и женщин, монахов и монахинь. Был поставлен предел увеличению церковных вотчин: теперь без воли государя церковные власти не могли покупать земли, а служилые люди не имели права отдавать монастырям свои поместья в виде вкладов по душе; все вотчины, отданные боярами в монастыри по смерти Василия III, велено было отобрать обратно в казну. Собор установил особый налог для выкупа русских людей, попадавших в плен к татарам: эта повинность касалась всех без исключения, как общая христианская милостыня.

Не осталось без внимания книжное дело. Большинство книг на Руси были переводными – переводили с греческого и латинского языков, много раз переписывали древние тексты. И то и другое исполнялось плохо: переводы были неточными, при переписке в тексты вкрадывались ошибки и поддельные вставки. Более того, поскольку все книжное и письменное относили тогда к церковной области, так называемые отреченные книги (апокрифы и другие) чтились наравне с каноническими книгами, и Святым Отцам приписывалось то, чего они никогда не писали. Стоглав установил нечто вроде духовной цензуры, поручив ее выборным церковным старостам и десятским. Книжная справа взялась ими под надзор; переписанные книги должны были получить их одобрение, они же могли изъять из обращения и продажи книги неисправленные.

Собор приложил усилия к распространению просвещения и грамотности. К тому времени на Руси остались лишь смутные воспоминания, что некогда, при князьях Владимире Святом и Ярославе Мудром, на Руси существовали училища, которые впоследствии исчезли. Чтобы повысить грамотность духовенства, собор постановил вновь завести постоянно действующие училища и назначил избранных духовных лиц, которые обязаны были открыть их в своих домах; мирянам рекомендовалось отдавать своих детей в эти училища для обучения грамоте, письму и церковному пению.

В связи с вопросом о книжной справе Стоглав коснулся и иконописания, постановив писать живописцам иконы с древних образцов, как писали греки, Андрей Рублев и прочие прославленные живописцы, а от своего замышления ничего не изменять. Это постановление было призвано остановить проникновение в стиль русской иконописи приемов западноевропейской живописи. Впрочем, многие живописные новшества ввергали русских людей в соблазн исключительно по невежеству. Так, во Пскове в 1540 году, к Успеньеву дню, перехожие старцы привезли с собой образы святого Николая и святой Пятницы в киотах («на рези»), В Пскове таких икон прежде никогда не видали, и многие сочли их почитание «болванным поклонением», то есть идолопоклонством; «была в людях молва большая и смятение». Простые люди обратились к священникам, те к наместникам; в результате старцев схватили, а иконы отослали к Макарию, который был тогда Новгородским архиепископом. Только тогда выяснилось заблуждение невежд. Макарий сам молился перед этими иконами, пел им соборно молебен и, воздав им всеподобающую честь, сам проводил до судна, отплывавшего во Псков, и заповедал псковичам эти иконы у старцев выменять и встречать их соборно.