Вместе с тем руководство НКВД активно пыталось выводить батальоны из боев, вступая в конфликт с командованием РККА в борьбе за необходимые людские ресурсы^>107. Чаще всего к моменту смены истребительных частей на линии фронта они уже теряли боеспособность и практически полностью уничтожались противником. Однако с конца 1943 года использование истребительных частей в качестве пехоты на линии фронта в документах практически не фиксируется, что связано с улучшением обстановки на фронте, переходом стратегической инициативы к Красной армии и отсутствием крупных наступательных операций с молниеносными прорывами на большую глубину со стороны германских войск на территории СССР.

Применение истребительных батальонов по их прямому назначению (то есть для ликвидации парашютных десантов противника, борьбы с диверсантами, дезертирами и поддержания порядка в прифронтовой зоне) началось с самого начала войны. Истребительные подразделения, переведенные на казарменное положение, в 1941–1942 годах в условиях страха советского командования перед немецкими десантами несли службу по следующей схеме. Один взвод, вооруженный винтовками и пулеметом, находился в постоянной готовности и осуществлял патрулирование местности. В месте дислокации также формировалась сменная группа из десяти связистов, главной задачей которой было срочное оповещение бойцов и командиров батальона о появлении противника^>108. На местах к стандартной программе подготовки батальонов добавляли курсы по оказанию первой медицинской помощи, из числа военнослужащих специально выделялись имеющие медицинское образование или опыт работы в соответствующих учреждениях^>109