57. Сибирское и Кавказское Отделения Главного Военного Суда, в порядке рассмотрения военно-судебных дел, пользуются той же степенью власти относительно подведомственных им судов, какая принадлежит Главному Военному Суду.

58. Вопросы законодательные по военно-уголовной части не подлежат обсуждению в Отделениях Главного Военного Суда, но рассматриваются исключительно в Главном Военном Суде порядком, указанном во 2 части сего Устава.

59. Главный Военный Суд и Отделения его состоят из Председателя и членов, из числа, штатом определенном.

60. В местах, отдаленных от Главного Военного Суда или Отделений его, в особенно важных случаях нарушения военной дисциплины, требующих неотложного наказания виновных, может быть учреждаемо в месте нахождения Военно-Окружного Суда особое Присутствие для рассмотрения могущих возникнуть по делам сего рода протестов Прокуроров, а равно жалоб подсудимых на решения Военных Судов. Присутствие сие утверждается Командующим войсками в округе не иначе, как по испрошении установленным порядком Высочайшего разрешения.

61. Присутствие сие составляется под председательством генерала, из двух штаб-офицеров, по назначению Командующего войсками в округе, одного из постоянных членов Военно-Окружного Суда, по избранию Председателя сего Суда, и из Военного Прокурора.

62. Означенному Присутствию, в порядке рассмотрения и разрешения протестов и жалоб, предоставляется та же степень власти, какая принадлежит в судебных делах Главному Военному Суду.

ПСЗРИ. Собрание второе. Т. XLII. №44575

Основные принципы военно-судебной реформы заключались в следующем: вместо существовавших до 1867 г. временных военно-судебных органов создавались постоянные органы: полковые суды, военно-окружные суды и Главный военный суд. Главный военный суд имел состав, подобный военно-окружным судам, с той лишь разницей, что временные члены этого суда назначались лично императором из генералов столичного гарнизона. На флоте соответственно учреждались экипажные, военно-морские суды (при главных портах) и Главный военно-морской суд.

Для рассмотрения наиболее важных дел при Главном военном суде могло быть создано Особое присутствие (председатель – генерал, два члена суда – штаб-офицеры, военный прокурор). Одно из отделений Главного военного суда – Верховный кассационный суд рассматривал дела по кассационным протестам главного военного прокурора и жалобам заинтересованных лиц на приговоры военно-окружных судов. Правительствующий Сенат, являвшийся кассационной инстанцией для общих судов, к военным судам отношения не имел.

Главный военный суд обладал широкими полномочиями по руководству нижестоящими военными судами. Он осуществлял контроль над точным и единообразным применением закона, определял порядок применения действующего законодательства на основе обобщения судебной практики. Осуществляя надзор за военными судами, Главный военный суд был вправе объявить «за недостатки и упущения в судебной работе» порицания, замечания и выговоры всему составу проверяемого военного суда либо конкретному судье. Такими же полномочиями он обладал и в отношении военных следователей и кандидатов на судебные должности. Удаление от должности (увольнение) председателей и членов военно-окружных судов могло последовать только по постановлению Главного военного суда.

Председатели военно-окружных судов находились в непосредственном подчинении военного министра (ст. 165—169 устава). Таким образом, надзор за органами военной юстиции России по Военно-судебному уставу 1867 г. в конечном итоге был полностью сосредоточен в руках исполнительной власти: военного министра, военного командования и императора.