Лидерам Сакьи не нравилось, что область Пхагдру приобрела такой вес, и они пытались убрать Джанчуба Гьялцена, занимая сторону его противников. Ни одна из этих попыток не увенчалась успехом, и дело кончилось бойкотом мириарха. В 1346 году Сакья Пончен Гьелва Зангпо повел войска мириархий Цальпа и Ямдрок к Недонгу, столице Пхагдру. Во время переговоров с мириархом Ясангом в присутствии Пончена Джанчуб Гьялцен был арестован и приказал сдать крепость Недонг. Однако противнику не удалось занять хорошо подготовленный Недонг. Затем Джанчуб Гьялцен был отправлен в Цанг под вооруженным конвоем. Когда Гьелва Зангпо был уволен с поста Сакья Пончена во время последовавшей борьбы за власть внутри режима Сакья, Джанчуб Гьялцен был отправлен обратно в Недонг. Следующий Сакья Пончен, Вангчук, приказал союзной армии мириархий Цальпа и Ямдрок снова атаковать Пхагдру в августе 1348 года. Союзная армия неоднократно терпела поражения из-за частой смены генералов, неправильного командования войсками и внутренних раздоров.

В 1304 году императорский наставник Ринчен Гьялцен направил монахам Сакья указ о защите монастырей

Войска Пхагдру заняли большую часть Ясангской мириархии и вынудили мириарха Цальпы уступить землю в обмен на мир. Джанчуб Гьялцен в 1350 году сообщил о своей победе юаньскому двору и в конце концов снискал его долгожданную благосклонность. В знак признания мириарх получил две серебряные печати от императора Шунди династии Юань. В 1353 году Пхагдру разбил союзные войска Цальпы и Дрикунга, находящиеся под патрона-жем клана Сакья. Воспользовавшись внутренними конфликтами Сакья, Джанчуб Гьялцен вступил в союз с Гьелва Зангпо и организовал контратаку. Войска Пхагдру вскоре заняли монастырь Сакья и большую часть региона У-Цанг, в итоге отстранив режим Сакья и получив контроль над Тибетом. В 1358 году Джанчуб Гьялцен конфисковал печать Сакья Пончен. Сонама Лотро вызвали в Пекин и назначили на пост императорского наставника. В 1360 году глава Пхагдру направил Шераба Таши в Пекин с просьбой о дополнительных поощрениях. Император Шунди даровал Джанчубу Гьялцену тигровую печать и мандат и заверил, что области Конг гар и Ринпунг переходят под его юрисдикцию. Шакья Ринчен, вассал Джанчуба Гьялцена, был назначен Чумигским мириархом. В присутствии монгольских маршалов и высших комиссаров по общественному порядку У-Цана в замке Недонг состоялась торжественная церемония объявления императорского мандата. Впоследствии в монастыре Денсатиль, резиденции школы Пхагдру Кагью, была проведена еще одна церемония, посвященная использованию тигровой печати (такая же печать была у Сакья Пончена). Эти церемонии ознаменовали переход власти к режиму Пхагдру.

Фреска в монастыре Сакья, изображающая встречу Чогьяла Пхагпы с Хубилай-ханом

Будучи включенным в юрисдикцию династии Юань, Тибет обрел социальную стабильность, демонстрировал высокое экономическое развитие и имел большое количество достижений в области культуры, науки и техники. Это был период его расцвета. Процветание тибетского буддизма проявилось в появлении переводов всевозможных текстов, комментариев и сочинений, а также в стимулировании научных исследований в сельском хозяйстве, медицине, астрономии, искусстве, литературе, истории и других дисциплинах. Этот период оказал огромное влияние на науку, технику и культуру последующих поколений. Школа Сакья уделяла большое внимание культурному развитию. Чогьел Пхагпа, например, собрал много древних книг и трудов классиков во время путешествия из Сакья в Пекин. Кроме того, многие выдающиеся монахи из Индии, Кашмира, Непала и других стран привозили с собой буддийские книги, прибывая в Тибет или Сакья, чтобы проповедовать буддизм. Всякий раз, получая новую книгу, Чогьел Пхагпа заказывал комментарий или перевод этой книги и велел хранить их в монастыре Сакья. Некоторые важные буддийские писания часто выполнялись специальными чернилами, сделанными из золота или драгоценных камней. Это обеспечивало их сохранность. В то время монастырь Сакья владел богатым собранием книг. В настоящее время в зале священных писаний южной части монастыря Сакья хранится более 60 тыс. свитков. Сохранились также редкие санскритские тексты на пальмовых листьях, которые славятся прекрасной каллиграфией и тщательной проработкой.