Согласно историческим документам на тибетском языке, некоторые Сакья Пончены когда-то служили в комиссии Сюань-чжэн-Юань или одновременно занимали должность верховного комиссара по общественному порядку в У-Цанге. Например, Сакья Пончен Гьелва Зангпо работал секретарем в свите императорского наставника Сакья Пандита Кунга Гьялцена, а затем ему предложили должность в комиссии Сюаньчжэн-Юань. После того как он получил должность Пончена У-Цанга, Гьелва Зангпо вернулся в Тибет и женился. Он занимал разные высокие посты в комиссии Сюаньчжэн-Юань и работал в Юаньском суде в общей сложности 18 лет. Тай Ситу Чанчуб Гьялцэн говорил о нем так: «Он – чиновник первого ранга, Великий магистр Просветления и трижды избранный верховный комиссар комиссии Сю-аньчжэн-Юань. Только император имеет право уволить его или казнить». При участии Сакья Пончена династия Юань несколько раз посылала чиновников в Тибет, чтобы проверить информацию о домохозяйствах, решить вопрос о налогах и дани, взимаемой с поселений, организовать курьерские станции и наладить систему барщинного труда. Кроме того, юаньские войска и местные административные органы обеспечивали правление династии Юань и выполнение ее приказов в Тибете.

Вскоре после смерти Чогьела Пхагпы в правящей семье Кхон режима Сакья вспыхнула внутренняя борьба. Преемник императорского наставника Дхармапала Ракшита утверждал, что его двоюродный брат Даньи Ченпо Зангпо Пал не имел кровного родства с семьей Кхон, и Хубилай-хан сослал его на восток Китая, в Ханчжоу.

Поскольку после смерти Дхармапалы Ракшиты у семьи Кхон не было наследника мужского пола, император Чэнцзун дал приказ Даньи Ченпо Зангпо Пал: вернуться в семью Кхон, жениться и завести детей. У него было семь жен и двенадцать сыновей. Конфликты внутри семьи Кхон продолжались и после смерти Даньи Ченпо Зангпо Пала в 1322 году. Под руководством императорского наставника Кунга Лотро Гьялцена в 1325 году Сакьяпа был разделен на четыре сферы влияния, чтобы братья могли разделить власть и привилегии, полученные от императоров Юань. Жи-Тог контролировал монастырь Сакья, Лхакханг получил должность императорского префекта, Ринчен Ганг и Жи-Тог Ладранг разделили на-следство трона Сакьяпы, а Дучо Ладранг унаследовал титул князя Палена. Каждое владение возглавлял правитель, чей титул и имущество передавались по наследству из поколения в поколение. В каждом владении были свои подданные, поместья и замки. Сакья-па, как и ранее, пользовался поддержкой династии Юань, и каждый ладранг попрежнему имел более высокий государственный статус по сравнению с тринадцатью мириархами. Однако позднее им бросил вызов глава десятитысячного поселения, мириарх Пхагдру, и режим Сакья в конце концов распался из-за собственных внутренних противоречий.

По мере того как режим Сакья впадал в кризис и страдал от внутренних конфликтов, мириархия Пхагдру (также Пагмодру-па) в долине реки Ярлунгцангпо в Шаньнане набирала силу и постепенно поднималась под руководством Джанчуба Гьялцена (1302–1364) из семьи Лан. Когда Джанчуб Гьялцен был молод, он отправился в Сакью, чтобы служить в свите Даньи Ченпо Зангпо Пала. В то время он изучал буддизм и административное управление. Это путешествие имело целью поддерживать хорошие от-ношения с режимом Сакья, что было обычной практикой среди мириархов. Став в 1322 году мириархом Пхагдру, Джанчуб Гьялцен начал совершенствовать административное управление и развивать экономику, а также готовить сильную армию. Он настаивал на том, чтобы мириархия Пхагдру охватила все владения бывшего хана Хулагу, как это оговорено в указах Хубилай-хана и комиссии Сюаньчжэн-Юань, и требовал вернуть все отобранные земли. Его идея соответствовала законам династии Юань и желанию жителей Пхагдру. В ходе войны, длившейся более десяти лет, Джанчуб Гьялцен вернул утраченную некогда территорию, отошедшую к соседней мириархии Ясун.